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清算行动远未结束。
远在济南的铁铉并未投降，他始终高举着建文帝旗号。朱棣即位后派兵攻下济南，铁铉被俘押送到京师，朱棣以胜利者的姿态端坐大殿，铁铉却反着身子对着朱棣一屁股坐下，不肯拿正眼看一下新任皇帝，还破口大骂朱棣是叛逆。
朱棣大怒，命人割下他口鼻，铁铉“亦不肯回顾”，最后被凌迟处死。
至死，铁铉的骂声才停止。
铁铉的结局令人扼腕，然而他守土一方，竭尽职守，横逆加身刚烈如铁，又令人敬佩。没能收服铁铉是朱棣一大遗憾，他虽然痛恨铁铉，但每每激赏他的忠义，还对群臣称赞他。
对于朱棣的残暴行为与铁铉宁死不屈的精神，后代学者、文人以诗文深表赞叹。
抄录两首于下：
铁板差一线，走却高飞燕。忠孝肉，甘自咽，此铁真百炼。独恨大镬油沸溅，不溅一点糜烂燕子面。
执节坐廷南，百折不回，应知潇石肝肠皆铁；奇忠钟塞外，寸磔以报，谁识先生色目中人。
噩耗传到山东之后，济南城内悲声动天震地，父老家家焚香拜祭，以示悼念忠魂。
明知前方深渊，仍然坚持正道，这不就是“为天地立心”吗？即使是失败者，人们也不会忘记他。
明中叶起，民间各地修起了很多铁公祠庙，皆是祭奉铁铉。济南的铁公祠如今是国家5A级景区，在济南人民心中，铁铉已化身为关二爷一样的人物被供奉，这无关立场也无关成败，只是寄托着人民对“忠义”二字的敬仰。
在这次大清算中，方孝孺的惨剧更令人触目惊心。
如果说黄子澄、齐泰被杀是自取其祸，方孝孺本不应该死。
方孝孺，是因空印桉被杀的济南知府的方克勤之子，从小就是个神童。当初宋廉被太祖称赞为第一文臣，作为宋廉弟子的方孝孺继承了他的基因，宋廉之后如果还有第一文臣，那就是方孝孺。
宋廉对这位学生推许有加，并曾预言：再过二十年，你们就会相信我，这小子将来一定会成为一代文宗。
方孝孺是朱元章留给子孙的遗产，早在洪武十五年，方孝孺就被举荐到京城，当时他已名满天下。但老朱并没有重用他，只是丢给他一个汉中教授的职位打发他去了四川。
这并不是朱元章不识货，反而是他对人才的保护。在洪武朝，老朱以勐治国，他的政治策略是先霸后王——“上方心在赏罚，未遑教化”，这个时候重用方孝孺是不合适的，很可能害了他。
老朱并非不认可仁政，只是他认为皇权有力，君威彰显后方可以德治国，述行仁义。他把仁政寄托到了朱标身上，一天他对朱标说：我给你留了个人才，现在我把他安排在蜀中磨炼他的棱角，到你当了皇帝再重用他，一定能给你很多帮助。
朱标早死，朱允炆启用方孝孺为翰林学士，负责为他排疑解难。方孝孺才47岁，已是海内一代大儒。
朱棣的首席谋士，黑衣僧人姚广孝很敬佩他的才华，特地让人给朱棣带话：攻下北京后，方孝孺一定不肯投降，您千万不能杀他。
道衍还着重加了一句：杀孝孺，天下读书种子绝矣。
方孝孺也是坚定的削藩派，但在这次靖难战争里，他并不算建文帝决策天团的核心成员，主要工作是批答文书，起草文件，朝廷讨伐燕王的诏令、檄文都出自方孝孺的手笔。
也是由于这点，当朱棣需要一个人帮他起草登基诏书时，方孝孺成了最好的人选。
宣召方孝孺时，朱棣一身明黄色龙袍，端坐龙椅，好似睥睨天下，俯视万生。
方孝孺人未到声先至，全身缟素，披麻戴孝，大哭进殿。
朱棣好不尴尬又不便立即发作，两人进行了如下一番对话。
朱棣说：“先生不要错怪我，
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