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传播必然会受到沟通、联系不通畅的影响，时间长了，就会在各地出现一个一个的独立发展的分支，不但有祖祠派和三一派等区别，甚至在福建还出现了邪派的苗头，总之就是没有了统一的领导，发展出来的小教团形形***，什么样的都有了。
这种乱象一直持续到民国初期，莆田出现了陈智达、梁普耀师徒二人，希望重整三一教。他们成立了一个称为悟本派的组织，宣称要弘扬三一教。
后来又有一个叫作刘开怀的人，组织了一批信徒开始改组三一教，重新制定了教规，编写经书，设计本派的仪轨，同时通过大力发展慈善事业力图扩大影响。因为他们的主要活动中心是在莆田函三堂内，所以学术界称他们为函三派。
总之，在历代弟子们的努力下，林兆恩的三一教一直在努力发展，信徒数量一直非常庞大。清末民国时期，三一教随着外出的华人远播到了海外，不仅在东南亚，欧美也有传播。
现在，福建还有大量三一教的教堂和教徒，有人统计过，仅莆田市就有1285座教堂，信徒八万多。海外，主要是东南亚一带三一教也非常兴盛，马来西亚、新加坡有数万教徒，教堂都超过一千多，仅吉隆坡就有120座，这些都是海外华人寄托思乡之情的纽带。
每年农历七月十六是林教主的诞辰日，莆田各地村民还会组织一些纪念活动，海外也有大量香客专程赶回来参加朝拜，林兆恩的影响力可以说仅次于湄州妈祖了。
最后，有一本关于林兆恩和三一教的小说和道友们说一下。在林兆恩去逝的前后，江湖上就流传了这本小说，名字是《三教开迷归正演义》，不过林兆恩不是书中的主角，只在开头、中间和结尾提到过三次，但是小说总体上是以三一教为背景，以林兆恩为灵魂的，宣扬的也是三一教，把神魔、人性、世故融为一体，抨击和讽刺了社会的现状，对于研究三一教还是有一些参考价值的。
以前，如果想找这部书看还是非常困难的，因为某些原因，这部书曾受到焚毁，所以在国内几乎绝迹了。所幸在日本天理图书馆有一部万历年间的白门万卷楼刊本，直到1991年，上海古籍出版社在整理出版《古本小说集成》的时候，把日本这套书影印过来，唯一缺憾的是第二十回和二各少了半页，有兴趣的道友可以找来翻一翻。