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如果说以上还不足说明玄教和正一教的区别，那么再看一看张留孙的一系列行动。
成立玄教的第二年，张留孙就风风火火地来找忽必烈，提出来要大力发展武当山，并把它列入大元朝计划里，列入国家重点工程项目中。忽必烈也同意了，首先是扩观，升级成宫，并且正式赐给官方名额。
随着宠遇日隆，张留孙的政治地位越来越高，官也越来越大，每有国家大事，忽必烈也会请教一番。
成宗也数次去崇真宫视察工作，顺便看望老同志。大领导来了自然会有所表示，除了让张留孙可以奉旨大量收购周围百姓的土地以外，还拨专款用于宫观的扩建，顺便再听他给讲几段《南华真经》，提高一下自己的文化水平。成宗大德中（1297-1307），进一步加封张留孙上卿玄教大宗师，从宗师成功升级为大宗师了。
武宗时，张留孙的职称又升级了，这次直接成了大真人，而且是个实权官，当了集贤院的一把手，权力也升格到管理全国道教事务，史书称此时他的权力和地位甚至还在大学士之上。
仁宗时，因为喜欢文治，所以经常招呼张留孙过来论道，被这个老道高深的学问所折服。延佑二年（1315年），进开府仪同三司，加辅成赞化保运玄教大宗师，这次专门用玉石刻了玄教大宗师印，后来又加封阐道宏教冲元仁靖大真人，七个弟子也分别封了真人、银印。
随着张留孙的地位的增加，玄教的地位增加，再加上有武当山的助力，一个成立不足四十年的教派地位已经不在龙虎山之下了。
英宗至治元年（1321年）十二月，弥留之际的张留孙对弟子们说：经过我们的努力，如今玄教已经取得了巨大成绩，值得我们全体同仁欣慰了。不过我们不能忘记根本，我们是道教，教义是以清静无为为根本，慈俭不敢为天下先是宗旨。虽然我有幸得到帝王的恩遇，这四十多年你们看到的可能只是玄教的昌盛，但是我一直战战栗栗如走钢线，深恐以后会失去这些，你们今后一定要注意恪恭乃事，慎之慎之啊。交待完后事，端坐而逝。
到文宗天历二年（1329年），张留孙又被追赠为道祖神（应）德（佑）真君。
根据张留孙的安排，弟子吴全节接班袭了玄教大宗师的职位和集贤馆知事。这里需要解释一下玄教的教主嬗递方式，这又是和天师道世袭的不同之处。张留孙有七弟子，接班人完全由每任的大宗师自己选择，就和太子接班当皇帝一样，接班人先当玄教嗣师，上任教主过世以后就接班。当然了最终还是需要报告给皇帝，得到皇帝的玺书才行。虽然玄教的接班人并不是世袭的，如果儿子的确是最适合接班的那就是另一回事了。
根据《道园学古录•陈真人道行碑》记载，身为大宗师，择可以受其传者，非奇材异质不与也。从吴全节以下，分别传了夏文泳、陆德隆和于有兴三代，也的确是唯才是用。
实际上，不仅教主的继承人是由上任教主亲定，就连玄教内部的各级管理人员的委派也和龙虎山的张天师没有关系，张天师的手是插不进玄教来的。为了进一步和龙虎山撇清关系，宣扬自己的独立性，甚至连张留孙的师承都经过了设计包装。在《敕赐玄教宗师之碑》中说，玄教虽然是从张留孙开始立教的，但是他的师门却可以向上追溯，从张思永、冯清一、冯士元一路传下来，再由七代胡如海传八代李宗老，这就是张留孙的上八代师傅。玄教的上八代传承是元政府设计的还是和玄教高层一起商量着设计的不太清楚，但是这种更改出身的做法，表达出与龙虎山划清界线的态度是不是太明显了，红果果的。
刚才说了，玄教内部的组织系统也是自己说了算的，龙虎山是没有权力染指的，而这种组织体系，也和龙虎山有所不同。教内最大的BOSS自然是大宗师，当然背后还有
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