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一个皇帝当董事长，下面就是嗣师，也就是下任大宗师了。再向下则根据政府的行政划分来设置了，行省的领导是都提点，路的领导是道录和道判，州的是道正和道判，县里则是威仪，最基层的自然就是各宫观了，设住持、提点和提举等职位。
除了上述的区别以外，玄教有别有正一教还有一些方面，比如玄教表现在信仰和术法方面的特点是什么都有，显得很驳杂，道家的各门派、儒家的、佛教的，自己用得到的都拿来用，还包括政府需要的也拿来用，特别是儒学化方面表现得尤为突出。
还有一点比较突出，也是玄教区别于其他教派的一个特点，就是它是由元政府扶持产生的，天然就和蒙古人绑在了一起，一荣俱荣，一损俱损，和其它教派相比却少了底层人民的信仰这一坚实基础。结果估计道友们也能猜到，随道蒙元帝国的灭亡，失去了依附，没有群众根基的玄教必然会消失。
玄教退市以后，不再有重组的可能了，于是那些道士只好自谋出路，一部分向龙虎山投了简历。转了一圈，龙虎山失去的实际上又回来了，所以说笑到最后才最重要，龙虎山一直会传承下去，玄教呢，只能在史料中寻找痕迹了。
综合以上来看，玄教和正一教还是存在着很大的差别的，学术界认为二者是主从关系或一教二名的关系是不是都不太恰当？