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多久，米贼又反了。此次是上次孙恩的妹夫卢循又复反了。（孙恩兵败自杀后，孙恩的残余部众数千人推举卢循为首领。当时的太尉桓玄打算用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是，任命卢循为永嘉太守。）占据岭南的卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（AD410年）起兵，进攻江州。当时刘裕尚在南燕。刘裕至山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，（原北府军的顶级军头，死了好，免得我们的宋武大帝再费一番手脚。）于是加速回防建康，并于四月赶至。接着，荆州刺史刘道规也败于卢循。（这位是刘裕兄弟。，豫州刺史刘毅大败于卢循。（这位北府军军头就不肯去死。）卢循继续东下，兵临建康。（此次起事，贼势颇大，比当初孙恩更厉害。刘裕这边几个灭桓玄的最能打的大将都打败了。不过也可能是刘裕为了北伐把精兵强将都抽走的原因。这有点得不偿失，被鍮家了。贼兵纵横整个国土，一直打到京城！）而刘裕当时就招募兵众，修治石头城并于当地聚兵。不过，由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，然而刘裕坚决不肯接受诸葛长民及孟昶（又两个北府军军头）奉安帝北归广陵（扬州）避敌的建议，决意死战江南。（经过此事，孟昶仰药自尽，诸葛长民尚不知道大祸临头了吗？孟昶得以体面，诸葛长民还要刘裕帮他体面。）
卢循军到后停驻蔡洲（今江苏江宁县西南江中），刘裕就以木栅阻断石头城及淮口，修治越城（今江宁县南）并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，北府军名将刘毅与诸葛长民顶住了卢循的攻势。卢循曾分疑兵进攻白石及查浦，自率大军进攻丹阳郡，但都没有取胜，而且在各县中都无法抢掠到物资，于七月退兵江州。十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣（名将刘牢之之子，刘裕的亲密战友）等人进攻卢循，并于十二月以火攻击败卢循船队，卢循试图于左里（今鄱阳湖口）反击，但遭大败，只得南逃广州。但刘裕早已派孙处及沈田子经海路攻占了卢循的根据地番禺（即广州），卢循一再败逃，终为交州被刺史杜慧度所杀。徐道覆则在始兴被杀。刘裕于义熙七年（AD411年）正月班师回到建康，被改授为大将军、扬州牧，赐班剑二十人，但他极力推辞。（这戏演的真好。至此，因为北伐引发的灾难，屁股才算擦干净。外患既除，内部撕逼自然摆上台面。）
78.8.6谬史氏曰
刘裕崛起，是偶然也是必然。王敦、桓温、桓玄等温文尔雅的窃国大盗不成功，结果就是穷凶极恶的刘裕成功了，果然歌名不是请客吃饭；另一方面，豪族高门为了与皇权保持平衡，动不动需要一个强权人物跳出了威胁皇权，只不过这次玩砸了而已。。。也再也回不到平衡了！