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当时是遭遇战，刘裕也不是什么大首领打扮，谁叼他呀。无非是菜鸡互啄、双方混战罢了，刘裕人被杀光了，刘敬宣晚来一步，大英雄就要跪地求饶啦！把他吹成君王武勇第一，不说李二、赵大的，知道霸王么？）
接着朝廷派谢琰牧会稽。隆安四年（AD401年，孙恩攻克会稽郡，杀死谢琰。十一月，刘牢之再次领兵东征，孙恩败退。刘牢之驻扎上虞，派刘裕戍守句章城（今浙江宁波）。句章城矮小，士兵又不到数百名，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋在前，贼军这才退回浃口。次年三月，孙恩北击海盐县，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。贼军连日攻城，城内兵力空虚，刘裕就挑选数百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城。贼军遭到震慑，士气大丧，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。刘裕虽然连战连胜，但考虑到众寡悬殊太大，于是假装弃城而逃，诱使贼军蜂拥进城。他乘其懈怠，发兵伏击，大败贼军。六月，孙恩转进渡海，准备突袭丹徒（今江苏镇江），聚集部众达十余万。刘牢之还驻山阴，京师震动。刘裕闻讯，日夜兼程，与起义军同时抵达丹徒。当时敌我众寡悬殊，又加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，攻打蒜山，遭刘裕部猛攻而大败，跳崖投水而死者甚众。朝廷加刘裕为建武将军、下邳太守。刘裕率领水军追击至郁洲，又大败孙恩，迫使其南逃。十一月，刘裕在海盐再度击破孙恩。自此，他三战三捷，俘虏义军数以万计，而义军遭遇“饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。他率水军继续追讨孙恩，迫使其投海而死。（孙恩之反，几乎是刘裕一手平定的。朝廷加刘裕为建武将军、下邳太守，仍参刘牢之军事。但不管怎么说，刘裕已经从一个普通军汉，进入朝廷眼中，上达天听了。说这是刘裕的起步之役，绝不为过。）
刘裕掘得第一桶金后，很快又有人给他送来新的垫脚石。一方面，王恭、桓玄相继起兵清君侧，还是王敦、桓温那一套；另一方面，作为天下强军的北府军，成为了各方势力争夺的王牌。而王牌的首领---刘牢之，显然其政治头脑跟不上他的野心，在纷乱中反复横跳，一叛王恭、二叛司马道子、三叛桓玄，终于众叛亲离，完蛋了。这给了刘裕撷取北府军的领导权以绝好的机会。（刘牢之与刘裕有许多相似之处，都是从军队中下层干起，都是凭军功立足朝廷，都是野心勃勃视北府军为私军。。。其实真正有资格以北府军为私军的，是人家谢家，人家又是怎么作的呢？辛亏刘牢之没有把控住自己的命运、及时死了，否则，俩刘对决，画面一定很美！）
桓玄攻入建康，杀司马元显，收夺刘牢之兵权，以其堂兄桓修代之。刘裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦。由于刘裕屡建军功，于北府旧部中颇有声望，故桓玄也不敢小视他，任命他为中兵参军，暂时不敢动他。元兴二年（AD403年）初，孙恩的妹夫卢循再次起事，桓玄派刘裕讨伐，杀其大帅张士道。卢循渡海南逃，刘裕因功被加封为彭城内史。十二月，桓玄篡位。桓玄的妻子刘氏颇能识人，她多次劝桓玄除掉刘裕，但桓玄却以要借刘裕荡平中原为由拒绝。同时，桓玄称帝为消除隐患，欲瓦解北府兵，大力剿杀北府兵旧将，北府军几乎遭到灭顶之灾。正在桓玄盘算之际，刘裕也在暗中和北府兵残余兵将联络，伺机反攻桓玄。（桓玄实现了乃父篡位的理想，桓温也过了一把被追封为皇帝的瘾，但同时，桓玄也为刘裕送上了经验大礼包。面对桓玄，刘裕采取两招，一招是不参合，作壁上观，避免乱横跳导致刘牢之的下场；一招是“把对手培养成大***”策略，桓玄想称帝，征求刘裕意见，刘裕把桓玄夸得花好稻好，桓玄直接飘了。）
当时北府军余部，分布在京口、广陵，分别由桓家的徐州刺史桓修与青州刺史桓弘统领。（桓修虽然是桓玄的堂
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