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，刘敬宣纵骑横击，高呼“奉诏诛王恭降者勿杀！”王恭部众溃败。王恭打算返回城内时又发现城门已被高雅之关上，唯有骑马逃奔曲阿，但又因不习惯骑马而令大腿内侧长了疮，碰巧遇着故吏殷确，以船打算送王恭到桓玄那里。到长塘湖时，因被人告发而被捕。（这是刘牢之第一次卖主求荣。还可以借口说是替朝廷弥乱。）王恭被押送建康后，在AD398年九月十七日（10月13日）于倪塘被处斩。王恭与子弟和党众都被处死。（王恭也算名士之流，时人多有伤之。但卿本佳人奈何做贼，以一己之私导天下之乱，终落下乘。所以这人后世也很难定位，肯定不是忠臣，但要把他归入苏峻、桓玄一干乱党永远钉在历史的耻辱柱上挞伐，倒也于心不忍，所以最好的办法，是遗忘。王恭算是存在感最差的魏晋“屠龙少年”了。）刘牢之得到了收获，代王恭，镇京口。
这边的西军听闻王恭身死，大惊。殷仲堪与杨佺期、桓玄商议，“北府军反水，这仗没法打了。但现在退却，是自示其弱、必为所乘。不如出其不意，大张兵势，然后可进可退。”于是进兵于湖（今安徽芜湖），声称要为王恭报仇、乞诛刘牢之、司马尚之，然后退兵。（还是清君侧老一套！）主事的司马元显以为王恭一死、大事抵定了，没想到西军还有这一出。有说出动刘牢之的，有说请和的。。。争论不休。（刘牢之本是枭雄又刚立大功，再出动，等同让他把持朝政；而请和，岂非正中西军的下怀？）这时，桓玄的从兄桓修跳出来出了个主意。他说，“殷仲堪与杨佺期、桓玄，都以王恭马首是瞻，王恭完蛋他们也没谱。杨佺期、桓玄无非想往上爬，给他们点甜头，他们就不会听殷仲堪的了。人心散了，这事儿就好办了。”（桓修是桓冲之子，向来向着朝廷。看得还是很准啊。）于是，诏桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，黜荆州刺史殷仲堪为广州刺史，把荆州刺史一职转授出主意的桓修。这是典型的二桃杀三士，三人一般齐了，甚至原来的高点殷仲堪现在变低点了。所以西军哪里还有心思打仗，殷仲堪催杨佺期、桓玄进军，两人各自回军蔡州，准备打点行囊上任去者！此时殷仲堪失掉了荆州刺史的职务，想倚仗桓玄为援助，桓玄等人也想凭借殷仲堪的实力，虽然彼此猜疑，但也不能反目为敌。殷仲堪与杨佺期以子侄交换做人质，便在寻阳结盟，推举桓玄为盟主，登坛歃血盟誓。三刺史结盟，共同威胁朝廷。朝廷又软了，恢复了殷仲堪的荆州刺史。（于是这场挑战朝廷权威的作乱就稀里糊涂地结束了，始作俑者庾楷丢掉了自己豫州刺史的位置，投靠桓玄当了武昌太守。桓玄成了最大赢家，因为杨佺期虽然也大赚但他一介武夫而已，王恭成了最大书架。殷仲堪白玩一场，啥也没捞着。刘牢之正式下场，成为玩家之一，未知是祸是福啊。）
江左朝廷的上流荆州一带，殷仲堪与杨佺期、桓玄三刺史抱团，显然是权宜之计。一方面朝廷玩二桃杀三士缓则相害急则相救，时不时挑拨；另一方面，桓玄的野心可是出乎所有人的意料！不久，殷仲堪等人的矛盾渐渐激化起来。殷仲堪担心桓玄跋扈，遂与杨佺期结为婚姻，相互支援；桓玄敌不过殷、杨二人，害怕被击灭，于是上书朝廷，要求扩大都督区，壮大实力。司马道子、司马元显也想借机挑起矛盾，让他们互相残杀，以达到坐收渔翁之利的目的，遂下令分杨佺期所督长沙、衡阳、湘东、零陵四郡归桓玄管辖，又以玄兄桓伟取代杨佺期之兄杨广为南蛮校尉。杨佺期方利益受到损害，火冒三丈，即刻调集人马，声称援救洛阳，暗中想联合殷仲堪共击桓玄。殷仲堪顾虑重重，既畏惧杨佺期兄弟骁勇，难以对付；又担心桓玄一旦被击灭，杨氏兄弟得势，自己反而受害，故极力予以阻止。杨佺期孤掌难鸣，只好忍气吞声，偃旗息鼓。
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