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），江西流民郭敞等人在东晋侨置陈留郡的堂邑叛乱，捕掳陈留太守刘仕向姚襄归降。因临近东晋赖以自守的长江天险，令东晋朝廷十分震惊，立刻加强对京师建康的防守。然而，姚襄没有南进，反倒北归，趁东晋调兵防守建康，于是轻松攻下许昌。原本降晋的后赵将领周成又于永和十年叛晋，进据洛阳。姚襄据许昌后就于永和十二年（AD356年）起兵进攻洛阳。
姚襄是殷浩之耻，也是东晋之耻。所以桓温不是为殷浩报仇，而是要挽回上次北伐前秦的颜面。桓温于永和十二年（356年）在江陵起兵，先遣督护高武据鲁阳，辅国将军戴施驻屯黄河上，以水军进逼许昌和洛阳，更请徐、豫二州派兵经淮泗入黄河协助北伐。桓温自己则从后领兵作众人继援。八月己亥日，桓温到达洛阳城南的伊水，久围洛阳不破的姚襄于是撤去围城军，转而抵抗桓温，并在伊水北岸的树林中埋伏精兵，试图诱使桓温率兵后退，在其后退时派伏兵突击。然而桓温拒绝姚襄后退的请求，姚襄意图依伊水而战，而桓温则结阵向前进攻，更亲身披甲督战，于是大败姚襄，姚襄逃到洛阳北山，及后更与余众西奔并州，桓温未能追及。
随后，周成以洛阳向桓温投降。桓温及后留兵戍守洛阳，并且置陵令，修复各个皇陵后就押著周成及带着三千多家归降的平民南归。第二次北伐至此结束。（中原大都洛阳就在这么眼花缭乱的转换中。但对桓温而言，这是一次成功的北伐，不但入洛，还击垮了一路北方诸侯羌族姚氏，如果不是姚襄被彻底击败，羌族姚氏也不会那么快被氐族符氏消灭，也许早建立起他们自己的国家了。）
桓温在第二次北伐成功收复洛阳后声望提高，先于升平四年（AD360年）进爵南郡公，后更在兴宁元年（AD363年）进大司马、都督中外诸军事、录尚书事，正式掌握朝政。次年更授桓温扬州刺史，令桓温掌握京畿地区军事。桓温虽然内镇扬州，然而原本所都督的荆、江二州亦交由其两个弟弟桓豁及桓冲掌握，由此桓温基本上集东晋全***政大权于一身，仅未能掌握徐、兖二州所在的京口及豫州等兵力。但是桓温急着返回朝廷把持朝政，这次北方的成果也并不牢固。而自从慕容崛起后，干掉冉闵，收拾起关东的残局，桓温北伐的成果纷纷消弭。（原本名义上臣服于东晋的前燕慕容俊在永和八年AD352年称帝自立后，慕容三兄弟就多次与东晋发生战事。前燕更多次派兵进攻洛阳，虽勉强能守着洛阳，但河南诸郡除洛阳外其实都被前燕所夺。东晋终在兴宁三年AD365年失去洛阳。司冀等地皆失于前燕后，前燕又进攻兖州等地，于太和元年AD366年又夺取鲁郡和高平郡，甚至曾南侵至竟陵郡。）
桓温乘势移镇姑孰（今安徽当涂。这动作是与王敦一样了），准备再次北伐。AD365年，晋哀帝驾崩，无后，太后褚蒜子扶立琅玡王司马奕（六朝太后果然名不虚传），桓温获加殊礼，位在诸侯王之上。太和四年（AD369年），桓温上请北伐，并请与徐、兖二州刺史郗愔、豫州刺史袁真及江州刺史桓冲一同出兵。郗愔是在庾希因救援高平及鲁郡不力而被弹劾免职后受桓温所推，然而其实桓温一直觊觎郗愔部下驻京口的军队，心中很不愿由郗愔统率这些部众。当时郗愔之子郗超是桓温心腹，明白桓温心思后就假作父亲书信，将父亲的徐兖二州刺史的职位让给了桓温，令桓温十分高兴。至四月庚戌日，桓温终自所镇的姑孰人出兵前燕。桓温北伐至兖州，当时郗超顾虑汴水因战乱久未浚治，认为会影响漕运，但桓温不听。直至行军至金乡时就因天旱而令水军不能继续前进。桓温当时就命毛穆之开凿河道，引水令桓温水军得以继续前进，终成功进入黄河。郗超又进言，认为桓温入黄河之法是逆着水流而进，与东晋基地距离又远，难通漕运，担心前燕会拒守不战，令晋军陷入粮道断绝，无军粮继续
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