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1287年）九月，玉昔帖木儿师还。忽必烈本人在元军擒杀乃颜时，已从哈拉哈河逾大兴安岭缓缓东行，此后即经由辽东班师。元军在至元二十四年（AD1287年）的军事行动虽然取得很大的成功，但未能完全镇压东道叛王。逃窜到嫩江、黑龙江地区的合赤温系诸王哈丹秃鲁干，索性以该地为其新地盘，率余部继续与元廷相对抗。
至元二（AD1288年），忽必烈命皇孙铁木耳（即后来的元成宗）、大将玉昔帖木儿再度出征。战火从大兴安岭山麓一直延烧到高丽境内。直到至元二十九年（1292年）哈丹在鸭绿江源兵败自杀，元朝才最终扑灭乃颜之乱的余烬。
乃颜死后，参加叛乱而为元军俘虏的斡赤斤后王部众多被籍没，有些还被强行徙置江南，东道诸王势力大衰。元廷还在乃颜故地立肇州城（在今黑龙江肇州西南、松花江畔），迁西北吉里吉思等部东居，又组织当地各族部众在该地区开垦。但是，未直接参与叛乱的斡赤斤系诸王所部，并没有被元廷全部褫夺。塔察儿长子乃蛮带（乃麻歹）还率部参加了乃颜死后元军讨伐哈丹秃鲁干的战争，故他被允许继承斡赤斤后王之位，并在元武宗至大元年（AD1308年）受封为一字王寿王，两都之战中的辽王脱脱即是其孙。