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土司衙门有宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司、长官司、土府、土县等名称，长官都是世袭罔替，在地方上有一定的辖地和土民，总称土司。
土司与朝廷的关系实质是相互利用。土司借用朝廷的权威震慑治下土民，从而肆意奴役剥削；朝廷则是用空头的官爵笼络有实力的部族酋长，从而维持地方安宁。
整体来看，在明朝的西南、西北存在着大量的少数民族，这些少数民族在生活习惯、宗教文化、礼仪文字等方面与汉民族存在较大的差异。
在湖南、四川、贵州三省交界处是苗族的活动中心，向南发展到了贵州；广西则是瑶族、壮族的根据地；四川、贵州、云南三省交界处是彝族的根据地；四川西部和云南西北部是摩梭人的活动区域；云南南部是傣族的活动区域；四川北部、青海、甘肃、宁夏是羌族的活动区域。
在上述区域中，除纯粹由土官世袭治理的土司外，部分土司还有一种流官制度。流官是由中央政府任命的，具有一定任期而非世袭的地方官。
在这些土司中，大致以土官为主，以流官为辅。与之相反的，在边疆设立流官的州县中，也有不同部族的土司存在。
综上，在同一布政使司治下，既有流官的州县，也有土官的土司，还有土流合治的州县，因地制宜，民族融合，充分彰显了大明帝国的治边智慧。