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木叶村的政治结构总共有三级：
第一级是木叶村内阁会议，俗称“小会”，掌握有行政权，负责处理木叶村的日常事务，基本每天都会在火影楼的会议室召开。
第二级是木叶村上忍联席会议，俗称“大会”，掌握着内阁的人事任免权和监察权，按例是在元旦时节召开。
那个时候木叶村所有上忍将会陪同大名前往火之寺为国家祈福。祈福结束后，大会在火之寺就地召开，主要内容是审阅过去一年的内阁工作报告，并对除了火影之外的其他内阁成员的称职与否进行表决，不称职的内阁成员将会被罢撤，并选出新人。大名本人或者大名的代行者将会在一旁旁听，并有权给出建议。
特殊地，如果获得超过一半的上忍的同意，或者出于火影的要求，那么可以临时地在木叶村召开大会。这时候的会议地点就会变成木叶戏院。
出现这种情况的时候，一般都是内阁成员出现了问题。
或者是明显的失职引发了不满（比如第一卷开篇的大和被免职），或者是需要对空缺的内阁职位进行任命，（比如第一卷末尾的暗部队长选举），或者是需要选举新的火影（志村团藏成为火影）
最后一级则是火之国大名官邸，成员主要是大名、大名的亲族以及大名青睐的幕僚。大名官邸掌握有立法权，凭借火之国的财政，保证上述木叶村的政治规则不被打破。
特殊地，忍者的职衔调整，无论是晋升还是降职，木叶内阁都只是建议。实际的结果必须要由大名官邸审核通过之后才能生效。
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木叶村上忍联席会议的历史流变：
木叶上忍联席会议，这个会议在最初的时候其实叫做“木叶五十三家”。
在木叶村刚刚创立的时候，初代火影千手柱间苦于村子里的事务繁多，于是决定挑选一批在木叶村中既受信赖（亲火影），又有实力的忍族，协助初代火影管理木叶村。这次挑选最终选出了被合称为“木叶五十三家”的五十三个忍族。
千手柱间和五十三家的家主分享了权力，授权他们分别负责管理木叶村的五十三个区块/街道。山中家就是在这个时候由于获得了空蝉大师的推荐，而得以成为木叶五十三家的一员。
等到二代火影千手扉间继位的时候，为了对抗其他四大国的协同进犯，千手和宇智波再度和解。两家联手，共同推行“宇智波镜改革”，成立了木叶警卫队。并且以木叶警卫队为依托，二代火影收回了木叶五十三家分管木叶村各个区域的权力，将这份权力归于木叶内阁。而作为补偿，木叶五十三家则获得了对火影的选举权，和除火影之外的内阁成员的人事任免权。
（也即所有内阁成员受到制约，千手扉间的下一任火影由木叶五十三家选举产生，但是千手扉间本人不能被木叶五十三家罢撤。）
在三代火影猿飞日斩上任后，为了对抗宇智波家，猿飞日斩进行了新一轮改制。他把木叶五十三家改组成为了木叶上忍联席会议，参加会议的成员从初代火影确定下来的五十三家的家主，改成了所有具有上忍实力，也就是掌握了两种及两种以上查克拉性质变化的忍者。
通过这次改革，饱受木叶警备队欺辱剥削的小型忍族，获得了争取自己权利的机会。他们加入了反宇智波阵营，帮助猿飞日斩达成了对宇智波家的压制，并最终导致了宇智波家的覆灭。
但是由于上忍的实力和权力挂钩，忍术的开发和传承开始从千手扉间时代的百花齐放转向封闭保守。
师徒关系的意义逐渐变得沉重，成型的忍族开始封锁查克拉性质变化的知识，再利用这些知识压榨平民忍者。
这种变化的结果之一就是中忍成为了绝大多数平民忍者的天花板，木叶村的综合实力开始下降，间接导致了在第三次忍界大战中，木
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