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序仍旧在圣人的保护下残存了下来，或者说偷偷截留了下来，塑造出了程序“大罗”。
也因此这位圣人的守护者也在一定程度上拥有救世主的部分威能，可以与主角抗衡一二。
这是一场高武战斗切磋。
第二场则是圣人给出挽救华胥国的办法后，船长和女主姜羡等队友想办法解救那个能通往矩阵代码之源头的开锁匠。
这段动作戏是低武战斗，就包含了高速公路飙车、追击、打斗、碰撞、爆炸的场面。
而男主角没能及时过来助拳是因为第三场战斗也在同时进行。
第三场战斗是男主与复活的黑衣人之间的大战。
此时黑衣人已经是不比男主差多少的超级病毒了，而且还拥有感染同化人类和程序的能力。
这场战斗发生在海边、海上、以及大海中。
黑衣人能感染程序自然也能感染海中的生物，矩阵中的动物也是程序，自然也包括巨鲸、狂鲨、鱼群。
毫无疑问这是一场别开生面的高武战斗，也是《矩阵》的重头戏，墨特效艺术家也为此相当头痛。
第二场和第三场战斗戏是同时展开的，观众将同时享受刺激的低武动作戏和震撼的高武动作戏。
最终黑衣人在发现无法同化男主也困不住男主的时候，放弃了战斗，男主得以解脱随后超音速赶到队友的战斗现场，在千钧一发之际解救出了女主和船长。
第四场战斗戏则是救出锁匠后前往“源代码”的旅程，通往源代码的通道设置有“防火墙”，一旦冲过“防火墙”，男主救世主的能力也会被压制，当然仍旧比队友们强。
第四场战斗不仅有与“防火墙”的守卫们的战斗，还有与同样通过防火墙想要到“源代码”找主神的黑衣人之间的战斗，两人在“防火墙”中发生了激战，当然两个人的能力都被“防火墙”大大压制了。
高——低——高——低，四场矩阵内的战斗以正确的节奏进行，就能完美的将两种级别的动作戏不违和的安排在剧情中，不会出现高武与低武的矛盾。
即便男主全程无敌，也同样能塑造出险象环生的刺激剧情。
而也是最后一场动作戏则是在现实世界中。
乌贼机器人追击到飞船，人类从船上逃离，在地底隧道中逃脱着电子乌贼的抓捕，最终还是被电子乌贼追杀到面前。
男主挺身而出，定住了电子乌贼，并让其自我摧毁，随后晕倒。
这也将是第二部留下的最大悬念。
因为有圣人与男主，主神与男主的对话，《矩阵》的信息量并不会比第一部少多少。
而因为有动作戏，第二部的视听奇观要绝对超过第一部，紧张刺激程度也会更高。