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自从龙头地鼠听话之后，小智的特训里艾莉丝也经常派他出来和小智的宝可梦们进行对战，结果，龙头地鼠对付水水獭和暖暖猪、毛头小鹰、滑头小子这些还好一点，但是在对上大姐头藤藤蛇的时候，它却是完全不是对手。
就这样一路的特训，一行人也来到了一个新地方。
在这里，一行人遇到了一只野生的石丸子，它似乎有什么事情要告诉他们。
在小智的翻译下，众人得知了这里有个洞窟是石丸子们的居住地，结果今天，洞窟里来了个两人一喵的组合，他们操纵着巨大机器疯狂抓捕石丸子族群，它是出来求救的。
两人一喵？不就是火箭队了吗？艾丽丝说道。
走吧。我们去解决这件事情。小智说道。
跟着石丸子来到洞窟后，小智就看见了一眼就能看出是三人组制作出来的黑科技。
喂！你们几个又在搞什么鬼？小智直接开门见山问道。
小鬼头？！既然你问到了我们的计划是什么？
那我们就大发慈悲的告诉你！
别废话！赶紧的！小智直接打断他们的吟唱。
我们抓捕石丸子就是为了用在我们研发出来的石丸子加农炮上面。三人组打开机器顶部上的圆形装置，里面竟然装满了一群石丸子。这个装置可以刺激这些石丸子使出加农光炮最终融合在一块变成巨大加农光炮。
真的是有问必答呢，不过那也是三人组看见是小智，才会告诉他，毕竟现在不是什么训练家都能让三人组如此听话的。
小智他们知道了他们的计划，自然就不可能放过他们了，有了小智他们插手，三人组的计划自然不可能就这样实施下去了。
三人组果断放弃机器直接开溜，机器没了可以再造，但是被小智抓住的话那就是大难临头了。Z.br>
这次的事件结束了，石丸子族群也成功获救了。
那只求救的石丸子，也在事情结束之后，像小智发起了收服对战，没错，通常都是小智像宝可梦发起收服对战的，石丸子这样的自愿发起收服对战的是在少数的。
于是，小智就派上了自己的暖暖猪来跟石丸子进行对战，经过一番对战后，暖暖猪成功击败了石丸子，小智也掏出精灵球，将石丸子收服成功，这次对战过后，暖暖猪身躯也发出了进化之光，跟了小智这么久了，它早该进化了，光芒散去，两只脚站立的炒炒猪出现了，炒炒猪是暖暖猪的进化型，属性上还加了个格斗系，并且学会了高温重压这个招式。
接下来的旅途中，小智收到了红豆杉博士发过来的邮件，说要和真菰博士一起进行一次化石复活实验，所以红豆杉博士打算邀请小智他们一块过来看看。
小智自然答应了，艾莉丝和天桐都没有亲眼见过化石宝可梦复活，所以自然不会拒绝了。
一天后，小智一行来到了红豆杉博士和真菰博士的化石研究所后，红豆杉博士新收的义子芳兰端着一个羽毛化石给小智他们看。
这是古代宝可梦，始祖小鸟的羽毛化石吧？
小智弟弟是真有眼力，没错，它就是古翼鸟的羽毛化石。红豆杉博士点点头说道。
根据妈妈最近的研究表明，古翼鸟很有可能是现代鸟类宝可梦们的祖先。芳兰说道
先不说了，一会让你们看看成果。红豆杉博士将化石放进化石复活机里。真菰博士，准备开始了。
知道了。真菰博士启动了开关按钮。
化石复活机滴滴作响，很快，机器打开，散发出一阵白雾，里面的化石，已经变成了一只体型娇小的始祖鸟模样的宝可梦。
嘎～始祖小鸟睁开眼睛，奇怪的看着这个陌生的世界。
成功了！真菰博士相当兴奋。
哦！这就是始祖小鸟！赶紧记录红豆杉博士
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