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岛津军追击之下，少弐军死伤惨重。不少人在撤退渡河过程中被淹死在高崎川。
此战中，大友家臣中的角隈石宗、斋藤镇实、吉弘镇信，少弐家臣中的神代胜利、甲斐宗运、横岳资诚、江上武种、麻生隆实、平井经治、本告增景、高木盛房、小田镇光、伊东义祐等十几名高级将领包括数位少弐家谱代阵亡。
岛津军伤亡四千多人，少弐军伤亡六千多人。幸运的是，少弐军由于以往屡战屡胜的辉煌战绩，使得岛津军不敢太过深入追击。
同时也因为少弐军以往辉煌战绩的高傲，很多国众不甘心失败，拼死作战，给岛津军极大的杀伤，但也导致了数位重臣的阵亡。
虽然岛津赢了高崎川之战，且高级武将损失不大仅桦山久高、北乡久盛阵亡。但是依然很不好受，主要是大量底层武士因为少弐军的奋战阵亡，同样伤筋动骨。