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小智为了向小茂问清楚他的理由，一早来到他们家附近，却没预料会见到如此惊人的一幕！
大木雪成博士，拥有世界级宝可梦学权威的宝可梦博士，同时也是小茂的爷爷，一生都在研究宝可梦与人类的关系，在各个地方都有一定的威望，然而这么的一个人、居然被人用拐杖狠狠往脸打过去！？
小智不敢相信眼前的事实！害怕的躲在小茂家附近的角落，不时的偷偷瞄一眼大木博士那边的状况。
小智看到的是一位头发灰金色的老妇人，好像在和大木博士争执什么？从老妇人表情看来，她非常愤怒与忧伤…大木博士表情也相当复杂，任凭老妇人叫骂他！
小智觉得很好奇，于是竖起耳朵聆听他们的谈话……结果一听、得知两件惊人的事实！？
一是大木博士的女儿=阳子博士在参与某个特殊研究团队后人间蒸发？
二是小茂已经在昨晚被某人带离真新镇？
当时还年幼的小智不是很了解这些复杂事，听见小茂不在真新镇以后，就静悄悄的离开。
不过……小智并不知道，其实早在他慌忙躲起来的那瞬间，博士以及老妇人就隐约察觉到小智的存在…！
老妇人在小智走后，看了一眼他刚才所在的位置，突然对大木博士说一句：“以后我会找机会和小智和小茂他们见个面，老家伙…你可别妨碍我…！”老妇人对大木博士是如此犀利的眼神！从这句话得知…她好像知道小智是谁？
而后…老妇人好似事情办完的？转身离开…四周居然起了浓雾！？瞬间笼罩一股诡异气氛！不过没有维持太久。
离奇的是、老妇人竟与浓雾同时消失的无影无踪！？只留下一脸心事重重、呆木站在家门口的大木博士…这是小智所不知道的后续发展——
“这次的旅行，我要去完成的事情有很多，小茂、你因为阳子阿姨失踪了才变成这样的吗？还是……”
从记忆的螺旋回神过来的小智，躺在床上，连想那时候的疑问…小茂的改变，是不是和阳子失踪的理由有关？
小智只清楚…现在的小茂不可能告诉他实情，唯一让他开口的办法，就是小茂自己亲口答应他的那件事“这次石英联盟大赛…你要是有能耐到我面前…我就告诉你理由”。