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小智的父亲在他4岁的那年离奇失踪了，对于小智的母亲花子而言，那是一段非常痛苦难熬的日子，同时失去“两个”对她极为重要的亲人…。
如果没有小智他们这些孩子在的话，花子可能承受不了打击一蹶不振…回想起妈妈那时的表情，小智相当难受，对此在内心发誓要代替爸爸…守护好妈妈的笑容。
小智继续翻阅日记，此日记内容虽然被他读过许多遍已经到倒背如流的地步，可每当小智要出远门的前一晚，就会拿起这本日记详读里面的内容，驱除他心灵上的某种不安感…。
日记的记录，是从小智的父亲离开真新镇旅行开始的，小智的父亲也是真新镇代表训练家，当年出发时为12岁，照理来说会在10岁那年出发却整整晚了两年？只是小智并不知道原因罢了==
父亲笔下一定会记载两个人的名字，一个是自己母亲花子，另一个则是“阳子”，她是小智的青梅竹马=小茂的母亲，一名宝可梦博士，研究有关宝可梦的各种领域，相当厉害的女强人，小智称呼她为阳子阿姨，但只认识她4年而已…大多对她的了解是从花子那得知，至于原因就不多说了。
小智的父亲和她们一起去过许多地区旅行。
有真新镇所在的「关都地区」
保留传统文化的「城都地区」
地理资源丰富的「丰缘地区」
浓厚神话色彩的「神奥地区」
多元文化发达的「合众地区」
记载神秘历史的「卡洛斯地区」
四大岛屿组成的「阿罗拉地区」
各地均有不同独特的魅力，保留属于它们的地方特色，小智清楚世界如此大，可能有父亲他们没有探索过的地区，想着以后要去旅行看看。
一路上，他们一起渡过诸多不同的人生体验，快乐的时刻、悲伤的道别、与宝可梦神奇的际遇、训练家劲敌之间精彩绝伦的对战等等，这些曾经带给年幼的小智无限的憧憬与幻想。
但除此之外…其中一些内容是他当时无法理解的，随着年龄增长，小智才逐渐明白父亲在笔下所记叙的那些话。
内容均是人类残害宝可梦、侵犯其领域的下场，人类互相残杀这种无法理喻的事情存在着。