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优，专为幕臣子弟设置。目的是培养辅佐幕臣的官吏和实务人才。幕府时期先后设置的幕府直辖学校有21所，每所学校各有不同的职能和教育内容。江户时代后期，幕府又开设了藩书调所、讲武所及医学所等，以学习西方语言和西方技术为主。同时开始实现初、中、高三级编班授课，初级的为“素读所”和“复习所”，招收刚入学的儿童；中级的是“初学所”，学习中等程度课程；高级专科性质的是“稽古所”，这些初步显示了近代学制系统的雏形。
(二)藩校
藩校是由各藩参照昌平坂学问所设立的学校，教学原则和方法由各藩自行规定。幕府末期新设的藩校由重视儒学转变为重视近代实用科学，如算术、医学、天文学等。在入学者身份上打破封建世袭制，允许平民子弟入学。这样的藩校在明治维新之前已经开始向近代学校方向发展。明治维新后，藩校是近代中学的基础，很多藩校在维新变革时改为中学校或专科学校。
(三)寺子屋
寺子屋是专门为平民子弟开设的初等教育机构。教育内容重视实用，进行读、写、算的教育。儿童通常六七岁入学，学到十至十三岁开始当学徒，学习年限一般为四五年。寺子屋的经营管理者和教师绝大多数是中层程度的商人;在农村和渔村，大部分是村长村吏等。寺子屋在日本教育史上占有重要地位，明治维新后，日本普及小学，无疑是和幕府末期寺子屋的繁荣发展密不可分。
(四)乡校
乡校设在乡村，一般是在幕府或藩的许可、监督和保护之下，由幕府、藩直接管辖，对武士子弟和平民子弟施以初等教育。有藩主及其亲族出钱资助创办的;也有民间热心教育事业的办学者办的;或由民间知名人士开办。教学内容主要是读、写、算，特点是重视道德教育，是一种特殊的介于藩校和寺子屋之间的教育机构。
这种由政府监督设置和帮助的、面向本地各阶层民众的教育机构，显示了江户时代学校教育机构中公立因素的增长，成为近代公共教育的萌芽。
(五)私塾
德川幕府末期，私塾发展起来。私墊是一些学者在家庭设立的实施高等专门教育的场所。设置者多半是没有其他专门职业的民间学者，也有一部分是在幕府直辖的学校或藩校从事教育工作的学者，利用业余时间开设私塾。私塾的教学组织形式不一致，专门教授儒学的居多;有的传授国学，还有的传授洋学和医学，学生可自由从一个私塾转到另一个私塾学习。因此私塾实际上成了学派发展、学术传承的机构，也成为新教育观念和思想产生的摇篮。私塾在发展日本近代高等专业教育有一定贡献。..
私塾分“学习塾”和“趣味塾”两类。前者以辅导学生课业为主，大多进行以升学考试为目的的补习性学习，少数指导尖子学生进行难度更大的学习；后者以培养学生广泛的兴趣、爱好和提高技艺为目的，如教授音乐、美术、体育、民间传统工艺等，任教者以退休教师为主。