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名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县官长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。
刘裕知其有异心，于是答允其请求，趁着刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，将二人赐死。
随后，刘裕亲自率军讨伐刘毅，他命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。
义熙八年十月，王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。
王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志。
天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散，刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。
刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。
十一月，刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。
随即上奏朝廷减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除，对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
此役后，刘裕割荆州十郡另设湘州，加督此州，随后，皇帝拜刘裕为太傅、扬州牧，加赐羽葆、鼓吹及班剑二十人。
然而，刘毅败亡后，以监太尉留府事驻守建康，多行不法之事的诸葛长民惴惴不安，深恐步刘毅后尘，故而有反叛之意。
义熙九年三月，刘裕班师返回建康，以计诱诸葛长民到东府，在二人谈笑之间，命壮士丁旿从后用杖将其击杀，之后命人诛灭诸葛氏。
同年三月十五日，朔望，大朝会，刘裕上书朝廷，请天子恩册，奏立庶长子刘义符为豫章公世子，上许，乃下诏，宜授豫章世子刘义符宝册，领员外散骑侍郎。
次日，刘裕父子入建康宫谢恩，刘义符已德薄才弱为由，请辞员外散骑侍郎之职，上不许，再请，上不许，作罢！
五月，天子下诏，加封太尉，太傅，扬州牧，开府仪同三司，录尚书事，豫章郡公刘裕二子刘义真为桂阳县公，三子刘义隆为彭城县公，各食邑一千户。
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