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步兵团及江北道步兵团会同占领伊洛伊洛的浙南道步兵团、江西道步兵团、京营第七独立攻城炮兵团对宿务岛发起进攻，在短短三天内，就夺取了圣佩特罗城堡。
见到明军势如破竹，西班牙人在菲律宾的统治如汤沃雪般土崩瓦解，苏禄人坐不住了，于是从弘光十一年十一月底开始，苏禄人组织起2支数万人的军队，对棉兰老岛上的三宝颜、达沃两城发起进攻。
可问题是，西班牙人无力应对明军犀利的进攻，对付苏禄人却手到擒来，结果苏禄方面猛攻两地2个多月，累计损失超过6000人，却未能撼动西班牙人的阵脚，最终只能乖乖的向明军求援。
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接到苏禄人的求援后，明军调动益藩和周藩部分兵马出场，在明军舰炮的支援下猛攻三宝颜和达沃两城，最终于弘光十二年二月二十日及二月二十四日将两地先后攻克；而在益藩、周藩进攻三宝颜和达沃期间，明军主帅宁虎纠集主力对萨马岛上残余的西军据点奥尔莫克、帕洛发起了进攻，并于弘光十二年二月二十三日和三月一日，夺取了两城。
随后，明军又猛攻棉兰老岛上的奥德罗城，最终于四月二十九日，占领了该城。
弘光十二年三月三日，从湖北、郧阳、河南开来的内镇兵马对西班牙人在吕宋岛上残余的圣安娜、圣纳西索等据点发起最后进攻，经过一个半月的鏖战----主要时间浪费在了坐船和行军上----明军相继攻克了西班牙人的据点，至此，西班牙人在吕宋岛已经持续近九十年的殖民统治彻底宣告土崩瓦解了······
但菲律宾之战并未有在四月底宣告结束，弘光十二年六月八日，从墨西哥阿卡普尔科出发的大帆船队无知无觉的驶入了菲律宾海域----当时从菲律宾前往墨西哥的航程大约需要6个月，因此尽管西班牙菲律宾殖民当局在明军入侵后的第一时间向墨西哥发出了战争通报，但还是来不及阻止大帆船队从墨西哥出航----然后，这种贸易船队不出意外的被明军水师拦截，经过一番战斗后，三艘满载金银的贸易船为明军俘获，这才彻底宣告了菲律宾之战的终结······