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越滚越大，现在不仅仅是长孙无忌发觉自己的失策，连于志宁等人也开始慌张。
李治借此牢牢的把握了案件审理的主动权，长孙无忌不得不开始向李治妥协。
经过半年的审判终于结案，此案在多方妥协之下终于审完结案。
主犯李元景、李恪赐死；琅琊王氏族长王靖波凌迟，三族百年之内不得科举；李恪生母杨氏打入冷宫；荣国夫人杨氏赐死；薛家、房家、柴家夺爵。薛万彻、房遗爱、柴令武遇赦不赦囚禁终身，他们的妻子，三位公主同样夺去名号贬为庶人。
作为妥协将乡、村两级设为朝廷命官，分别为从九品上和从九品下，其属官为吏。由此一来家族在官府基层维护秩序的功能消失，虽然依旧免不了相互勾结，但是家族作为中国官僚的基层组织的功能不复存在。
颁布五品以下官吏致仕年龄为五十五岁，五品以上为六十五岁。
司法分刑部、大理寺、巡捕三部门，刑部掌诉讼、大理寺掌判决、巡捕掌侦缉。
开设商税，户部下属设立税政司统管天下税收。各级地方府衙不再具有颁布税目的权力。
李治在获得了自己想要朝廷改组构架之后放弃了继续追究文武百官在这次叛乱中的立场，也不再追究各大门阀在此事件中所做的手脚。