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淮巡按御史张任学就近接管巡按凤阳等处，监察处理善后事宜
着朱大典任右副都御史、总督漕运，兼巡抚凤阳，并坐镇凤阳协助洪承畴剿贼。
朱由检红着眼起身厉声道：谕中外刷国耻，尽心杀贼，六个月剿清贼寇，还百姓一方安宁。
谕各部官军将领，凡拥兵不前，桀骜恣睢，一旦有警，遇敌徘徊退缩着，朝廷严惩不贷。
命洪承畴所统陕西兵加速出关，同中原各省官军夹剿，勿的怠慢。
崇祯皇帝的发怒，使内阁辅臣顿时压力很大，而最压力大的是兵部尚书张凤翼，他知道中都凤阳陷落的事传开之后，必然有大量言官弹劾与他，现在大明烽烟四起，兵祸不断，他在兵部尚书这个位置做的是战战兢兢，如履薄冰，心神皆疲。
张凤翼向前两步，整理了一下身上的官服，向上面的御座上的朱由检跪地叩首道，臣，兵部尚书张凤翼特此为中都凤阳陷落谢罪，以谢凤阳失陷之责，堵天下悠悠之口。臣特此请辞兵部尚书一职，还望吾皇批准。
说完，低头伏在地上，听候皇上裁决。
朱由检沉默不语，看着下方，等了片刻时间后，才表态道，国事艰难，正是用兵的时候，兵部岂能中途换帅？
此事勿再请辞，不准。
朱由检带着一丝疲倦和无尽的悲伤，无力的摆摆手道，众卿回去拟旨传旨，百官都要修身自省，反思自己所做所为。这几日免朝，朕会素服避殿，亲自赴太庙祭告祖宗之灵，修身反省。
众卿退下吧。
朱由检望着文华殿的大门，感觉自己身上的担子越来越重，压得他有些喘不过来气。
一日后，空荡荡的太庙之中，一身素服的朱由检面色苍白独自一人，跪在大明列祖列宗历代皇帝的画像前面，涕泪痛哭不已
数月后，凤阳守陵太监杨泽自知难逃一死，在狱中畏罪自杀身亡。漕运总督兼凤阳巡抚杨一鹏被处死刑，西市斩首弃市。巡按凤阳御史吴振缨遣戍。
巡按御史张任学凤阳核查祖陵上的洞窟为野兽所挖只洞，所救凤阳官员几十人
凤阳西南二百里。
寿州城浓烟滚滚，大量的身穿着各式各样的带着武器的农民军，红着眼嚎叫着，冲入了寿州城，很快这里就已经成为地狱，城里的所有百姓、商户、官署仓库等钱粮都被抢掠一空。
而寿州西南约三十公里的正阳关，几无防守，张献忠军到关下之前，正阳关关城中百姓早就逃散一空，只有一些妇孺年老之人待在这里。