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《元史》载：“其牧地，东越耽罗，北逾火里秃麻，西至甘肃，南暨云南等地，凡一十四处，自上都、大都以至玉你伯牙、折连怯呆儿，周回万里，无非牧地。”元朝运来高大的战马在此繁育，耽罗承担供应军马的重任。最早的牧马府最***员为中国人左亨苏。元亡时，耽罗仍有战马二三万匹。
不仅如此，元朝还把高丽作为流放罪犯的集散地，主要散诸于半岛西南海岸。耽罗作为封闭岛屿，自然成为“天然优良的”牢狱。这些流放的犯人中甚至有元仁宗的哥哥魏王阿木哥。
由于元朝长期向耽罗派驻军队、输入牧民、流放犯人，使耽罗人与半岛人种产生较大差异。元朝将亡之际，元顺帝派人去岛上修筑宫殿，企图成为避难场所，但众所周知，元顺帝的愿望并没有达成。