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，张元勋率军设伏于儒峒，围歼倭寇，大获全胜，俘斩812人，缴获器仗、马匹无数。
此后，张元勋在广东先后率兵镇压了惠州河源唐亚六、广州从化万尚钦、韶州英德张廷光、肇庆恩平陈金莺，以及潮州、惠州一带的蓝一清、赖元爵、林道乾和罗旁瑶寨土著等反明政府力量，平定十多个影响重大的社会动乱，为朝廷立下汗马功劳。从而晋升为署都督同知，世袭百户。不久，又晋升为都督，改荫锦衣，授封护国庇民大将军。后因病辞归，广东百姓攀辕泣留，哭声震原野，百姓建元勋张公纪念祠，并塑像祭祀。
张元勋深虑官场倾轧，决定功成引退，告老还乡，居家十年，种竹养花，徜徉山水，自号逍遥道人，病卒于家。墓在长屿镇小屿山东麓，尚存，朝廷赐祭赐葬，特进光禄大夫、上柱国。