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镇严密防守，而且暗中将他的阴谋告诉西部少数民族以显示恩惠。因此刘铉和同僚彭应时、南京御史陈堂接连上奏抨击王崇古松弛边防便利敌人。王崇古上奏争辩并请求退休，神宗下优诏答复他，指令他不要介意别人的抨击，给事中尹瑾、御史高维崧再次弹劾他，王崇古极力请求退休，神宗才允许他回乡。
因为王崇古竭尽忠心，三次封贡都成功了，神宗下诏荫庇他的一个儿子任锦衣千户，有司依礼问候他，王崇古去世，追封为太保，谥号襄毅。王崇古身经七镇，功勋著于边陲，封贡初期，朝廷议论纷纷，有的人用危言震慑皇帝。由于阁臣的极力坚持，事情才得成功，顺义王归附二十年，崇古才去世，总督梅友松安抚驾驭不当，西边才出现骚扰，而边祸也较嘉靖时有缓解，宣府、大同边塞少数部族则迄明末归附不变。