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有光，终因得罪豪强和上官，而被调任顺德府通判，管理马政。按明制，进士为令，无为迁倅。所以归有光的升迁实为重抑。对这一不公平的降职，归有光非常愤慨，他曾气愤地说：号称三辅近，不异湘水投。并连上两疏要求辞官，但被朝廷公卿扣压不能上达，归有光抵任后，筑土室一间，整日躲在其中，读书自娱，以示不满。归有光虽然对迁升顺德通判大为不满，但一到任上却还是兢兢业业，一丝不苟，他利用马政通判的清闲，广阅史籍，采访掌故，修了一部完备的《马政志》。
归有光到北京朝贺万寿节，受大学士高拱、赵贞吉推荐，升为南京太仆寺寺丞。后来，又被首辅李春芳留在内阁，掌内阁制敕房，纂修《世宗实录》，身列文学侍从之位。归有光仕途晚达，十分兴奋，期望自己能借机阅读许多内府秘藏，在学术上获得更深的造诣，但终因劳累过度，在敕房任职仅一年，便身染重病，抱恨而逝，时年六十六岁，死后葬于昆山城东南门内金潼里。
归有光均崇尚唐宋古文，其散文风格朴实，感情真挚，是明代唐宋派代表作家，被称为今之欧阳修，后人称赞其散文为明文第一，与唐顺之、王慎中并称为嘉靖三大家，著有《震川先生集》、《三吴水利录》等。