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部尚书之职。不久，又召其回京入掌本兵，主持兵部大事，父亲去世他遂于年底南归奔丧。俺答汗得知翁万达离开边关，即兴兵犯境，在他归乡后，大同失守。朱厚熜不顾终制，急诏翁万达返抵边关，掌其督抚重任，翁万达因丧期未满，又加之背疽发作，所以匆忙修书，派义子翁从云携带《乞恩陈情终制疏》上京，请求待三年服阕而后起用。翁从云至河间府地界遇盗，失落表疏；尚未抵京，而俺答已从古北口溃墙南下，直薄都城。朱厚熜又连下两道金牌，催促翁万达起程，翁万达命侄翁思远带《题知起程疏》先行赴京。由于翁万达家处岭海极南之地，去京万里，虽间道兼程，犹必历四十一日才抵京到鸿胪寺报到。
当朱厚熜在急等翁万达抵京时，权贵严嵩上疏，谓翁万达盘桓久顿，未知至日，谋武盈朝，何必翁某，仇鸾则更是衔宿怨，谗言构于帝，结果翁万达被降职派往边关，经略紫荆诸关。越年，翁万达因背疽发作，故乘京察，呈上《再辞免重任恳乞陈情疏》，终引起朱厚熜的反感，遂免其职，接着又以翁万达的《谢疏》有讹字为由，将其削籍为民。于是，翁万达冒暑买车，微服就道，人亦不知其曾为尚书。
55岁的翁万达约同友人抵闽游武夷山，途经三河，被当地山川形胜所吸引，顺便为自己选择了墓地。在福建清流县途中，背疽疾发，急忙回归，至上杭县，卒于舟中。此前，朱厚熜又感到防边重任非万达莫属，于是颁诏曾第三次起复其为兵部尚书，但为时已晚。翁万达卒后二日，遗体运抵家乡，又四日诏命才临门，《明史》说其未闻命而先卒，即指此，死后葬于大埔三河镇。