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座祝圣台，每当正朔、冬至和孔子诞辰都会率领乡中缙绅对着京师的方向瞻仰叩拜，以表示不忘朝廷之意。
湛若水一生以兴办学校、传播理学为己任，他平日除简单的生活开支外，其余的俸禄都花费于购买馆田、赡养四方学者，这些馆田分布在广东广州、南海、增城、博罗、曲江等地，外地如南京，扬州，安徽池州、徽州，福建武夷，湖南南岳等处也有湛若水所设的馆田。为防止部分学生大手大脚，挥霍浪费，湛若水特意编写《崇俭约言》以示训导。
湛若水病逝于广州禺山精舍，享年95岁，葬天蚕岭，追赠太子少保，谥文简，遗著有《心性图说》与《圣学格物通》。