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旨意就上奏章分辩道：臣请人写传是成化二十年、二十二年辞官在家时，并非对先帝有意见。况且传中所载都是以显示先帝纳谏的美德，何名彰扬过失？刘文泰是无赖小人，此必是善写文章心怀阴谋的人幕后策划。孝宗将刘文泰下到锦衣狱，经审讯得到实情，有关部门请求逮捕丘濬，王恕及吴祯公堂对质，孝宗内心不满意王恕，就将刘文泰贬为御医，责备王恕沽名钓誉，焚毁雕板，不问丘濬的罪。
王恕第二次上疏要求处理，得不到同意，就极力要求离职。孝宗听凭他乘驿车归乡，不赐敕书，月粮、岁役也减少很多。朝臣因此看不起丘濬。等到丘濬去世，刘文泰前往吊丧，丘濬的妻子大声呵斥他出去，她说：由于你的缘故，使相公与王公关系不好，背上不义的名声，还吊什么丧！
武宗朱厚照即位后，派官员送敕书慰问王恕，赏赐他羊、酒，增加粮食役奴，并且告诉王恕无所隐瞒地直话直说，王恕陈述多件重要的政事，武宗优诏回报。
王恕去世，享年九十三岁，平日饭量超过一般人，等到他去世的那天时少吃了一些，王恕闭户独坐，突然有像雷一样的声音，白气弥漫，家人上前看后，发现他已经瞑目了。讣告传到宫中，武宗为王恕辍朝一日，追赠他为特进、左柱国、太师，赐谥号端毅。
王恕，历仕英宗、代宗、宪宗、孝宗、武宗五朝，扬历中外四十余年，刚正清严，始终一致。与马文升、刘大夏合称弘治三君子，辅佐孝宗朱祐樘实现弘治中兴，史称始弘治二十年间，众正盈朝，职业修理，号为极盛者，恕力也。，与其子王承裕并为三原学派的代表人物。