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占邵武，才从间道入闽北，与刘会攻建阳。此时，农民军由于黄琴叛变投敌，并为官军诱杀了刘宗、罗海等义军将领，明军终于打通了南下的通道。
南部的农民军在杨福的带领下，接连攻陷了漳浦、南靖、长泰、龙岩等地，于进攻漳州时被明军守将卫指挥顾斌击退。邓茂七久攻延平不下，遂移兵北攻建宁，当时张楷已率兵抵建宁，金濂的大军也将入闽，形势对农民军不利，邓茂七便主动撤兵退守陈山寨一带。由于潜伏农民军内部的叛徒张由孙、罗汝先的引诱，邓茂七再次率兵进攻延平。当农民军从溪南渡河时，明军埋伏在溪北的铳、炮突然齐发，农民军伤亡数百，溃退下来，明军指挥刘福又率埋伏在附近的官兵掩击，在混战中邓茂七不幸中流矢阵亡。
邓茂七牺牲后，形势急转直下，驻守沙县的农民军推举邓茂七的侄子邓伯孙为领袖，率农民军余部据守陈山寨、后洋、贡川、九龙山等地，继续抗击官兵。张楷、金濂一面分兵进剿，一面派叛徒招降，并施展离间计使邓伯孙杀了农民军骁将张留孙，使邓伯孙陷于孤立，九龙山等据点相继失守，陈山寨最后陷落，邓伯孙被捕遭害，农民军将士二百余人殉难，至此邓茂七领导的农民起义被镇压下去。
叶宗留、邓茂七领导的矿工和农民起义，是明朝中叶较大规模的农民起义。此次矿工、农民起义，持续数年，波及数省，虽被官军分化瓦解，各个击破，但震撼了明朝的统治。