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不久，南京陷落，朱棣当上了皇帝，黄子澄在嘉兴被人告发，押到了南京，朱棣亲自审问削藩政策的主要制定者，欲重用黄子澄，只要其写下认罪书，即可享受荣华富贵，但黄子澄威武不屈，朱棣大怒，下令砍去他的双手、双脚后，又对其处以五马分尸的酷刑，并诛其九族。.
朱棣死后，明仁宗朱高炽是位仁厚之君，对黄子澄后人较为宽容，发配边疆之人除留一人外，其余的可回原籍。结果，发配之人没有回到分宜原籍，而是回到了第二故乡昆山。到正德年间，明武宗为黄子澄***昭雪，称其为忠臣，后人立祠公开纪念。到清代，乾隆下诏改黄子澄的谥号为忠悫公，黄子澄终于成为可公开祭拜的忠臣。
如果，建文帝听从黄子澄的意见，削藩大业就告成功，明朝历史就会改写，但建文帝优柔仁弱的性格决定了他的命运，对朱棣动了恻隐之心，一再贻误战机，最终，燕王以清君侧为名，公开举兵叛乱，从侄子手中夺取了皇位。