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世界初始之树内部，因为琪朵作死的缘故，世界初始之树的免疫系统完全被激活，原本纯净的蓝色水晶变成红色，随后浮现出一群化石神奇宝贝的幻影。
这些化石精灵幻影其实就相当于人体内的白细胞，会将所有的入侵者吞噬消灭。
很不幸，在前进的途中，一行人逐渐失散，除了小智以外，其他人都被这些奇形怪状的白细胞吞噬。只是在被吞噬的前一刻，所有人选择把精灵们释放出来。
“真是烦人啊。”叶越灵巧的避开一只像触手百合的红色幻影，面容严肃，“速度要快一些了。”
按剧情发展，接下来就是小智和皮卡丘重聚，梦幻释放力量平息世界树的异状，再往后路卡利欧牺牲自己，使得一切恢复平静。
只是对于这样的结局叶越并不能接受，凭什么作死的人能够安然无恙，真正善良的人却要为此付出代价。
因此，叶越想要改变这一切。
世界初始之树，结晶树干，小智和皮卡丘再度重逢。
“皮卡皮！”皮卡丘乖巧的蹭了蹭小智的脸颊，脸上出现幸福的笑容。
“皮卡丘，这是路卡利欧哦！”小智抚摸着皮卡丘的脑袋，向他介绍着一同而来的路卡利欧，“多亏了路卡利欧的指引，我们才能找到这里来。”
“皮卡皮卡~”皮卡丘对着路卡利欧挥了挥手，露出一丝和善的笑容。
“小智，你和皮卡丘真是很好的伙伴呢。”路卡利欧看着皮卡丘和小智的样子，满眼都是曾经和亚朗一起的样子。
“缪~”四周的空间微微波动，一只粉红色的小猫拖着长长的尾巴出现在半空中，手中还拿着小智掉落的帽子。
“梦幻说，这是你掉的帽子喵。”喵喵气喘吁吁的爬了上来，同时不忘替小智翻译梦幻的声音。
“谢谢你，梦幻。”小智接过帽子戴在头上，而后又充满担忧道，“不知道小遥她们怎么样了…”
“雷吉艾斯—”远处的岩洞上，冰神柱雷吉艾斯突然出现，面板上的信号灯疯狂闪烁，世界树的意志告诉它，眼前的这个人类就是入侵者，需要尽快的抹杀。
“雷吉——”
雷吉艾斯双臂抬起，蓝白色的冰冻光束宣泄而出。
“先离开这里！”路卡利欧表情严肃，一把将小智推开。
“砰！”
冰冻光束落在空处，四周的温度骤然降低，地面上瞬间凝结出一层冰面。
小智也不犹豫，带着精灵们朝洞内跑去。
只是还没走多远，化石幻影大军堵在了道路中央。
“这是什么鬼东西呀喵！”面对袭来的幻影，喵喵顿时慌了神。
只是，那群红色幻影穿过喵喵后并未对他造成伤害，反而一股脑的冲向了小智的身边。
一个不查，小智的半个身子陷落在红色幻影之中。那些幻影不断的蠕动着，想要将小智完全吞噬进去。
“皮卡皮——”皮卡丘焦急的大喊，脸颊两侧的电气袋滋滋冒出电流。.z.br>
“该不会武藏和小次郎也被这种怪东西吞进去了吧…”喵喵语气有些干涩，有些不可置信。
“小智！”路卡利欧想要将小智从幻影中拉出来，下一刻，左侧的通道中出现了剩余的两只神柱。
岩神柱雷吉洛克、钢神柱雷吉斯奇鲁！
一瞬间，尖石攻击和加农光炮朝着小智的方向袭来。
路卡利欧没得选择，一个纵身来到小智身前，单手撑起守住的绿色护罩，另一只手释放出波导弹。
“大家都出来吧。”最后一刻，小智将精灵球甩出，蜥蜴王、大王燕、龙虾小兵和小小象出现在洞窟之中。
尽管路卡利欧挡下了双神柱的攻击，但小智还是没能逃过幻影的吞噬，原地只留下一顶帽子。
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