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远总兵吴三桂前往支援，吴三桂被困于松、杏之间，刘肇基以损失一千人的代价将其救出。
七月，与曹变蛟等破清军于黄土台及松山、杏山。
九月，复战杏山，刘肇基兵少退却。洪承畴甄别诸将，解刘肇基职，让王廷臣代替他的职务。
崇祯十七年，晋升都督同知，提督南京大教场。南明弘光政权建立后，史可法守淮扬一带。
刘肇基自请从征效力，得加授左都督、太子太保衔，史可法督师扬州，命其率兵守高家集，防守淮河一线。
顺治二年3月，清军包围扬州，史可法命附近驻军增援，只有刘肇基一支孤军赶到，入城守北门。
扬州城破之后，刘肇基率部400人与建奴死战，最后格杀数百人，但寡不敌众，最后全军覆没战死。