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官入贡为质，催关白远行。九月文书行到萨摩，整兵三万，大将六员，到高丽会齐取唐……限来年壬辰春起身……
陈申、许仪密报中，朝鲜俨然已成同盟，而恰此时朝鲜却无一使一语相报。朱翊钧深疑朝鲜的政治取向，下令辽东都司查勘，朝鲜才迫于压力两次派使臣进京申辩。朝鲜无论与日本结盟与否，至少是知晓日本入侵之事，但为己身利益选择了知情不报，直到明廷再三移咨查核，才于十九年十一月，以一种不相关的第三者姿态奏报明廷，还反诬琉球附日。
那时福建已重新安排人事任免，何继高走马上任福建知府。除慰劳问讯被冤的陈申，还阴求习倭者往萨摩通许仪。壬辰侵朝战正式爆发，朝鲜可谓一溃千里，才开始向明廷求援。
无论战前朝日是何种关系，事实是关白愚弄了朝鲜，为了守御辽东起见，明廷需要与朝联合御倭。当时辽东盛传‘朝日连接，诡言被兵，其国王避入北道，以他人为假王。托言被兵，实为日本向导……"后经兵部再三试探，朱翊钧才打消疑虑，同意出兵援朝御倭。
打消疑虑，不代表他相信朝鲜的申辩，此后数年间，此事也一再被提起。丁酉之战结束的万历二十七年二月，朱翊钧亦基于丁应泰的报告，令再次对朝鲜进行勘察。而抚慰君臣，出兵朝鲜更多是出于稳定封贡格局的战略考虑。
李如松入朝御倭时，兵部招了一批说倭者侦之，沈惟敬应募，随即送到李如松麾下。另外还遣了一批间谍史世用等人前往福建巡抚许孚远处，后令其扮作海商往日本萨摩州。史世用返回后写成《倭情备览》一书，书中强调琉球虽与日本往来，但并未附日，这给朝廷调兵入朝作战，而不必分兵于东南沿海，起了很关键的作用。
福建方面前后派出八人，与许仪相互契合印证，也令许孚远认为‘今日之计，莫妙于用间，莫急于备御，莫重于征剿……"。于万历二十二年又派出三人渡海，阳作檄书一道谕平酋罢兵，在阴结仪后，使其劝说岛津义久，图酋自效。许、何二人对此次间谍日本之行，报以很大希望，然则朝廷已开始与日媾和。
和谈焦点在‘许封不许贡"，这是朱翊钧采纳了沈一贯的意见，他认为与日本贡市与海防规划相矛盾，无以弥合，不应为属国安危而致本国沿海防卫于不顾。
既然开始和谈，朝廷自是不会鼓动诸藩反抗关白，再者也不现实。许孚远、何继高也相继调离福建，事遂寝熄。万历二十六年，平秀吉死，战场之上出现转机，从当年十一月起，到次年三月，三路倭寇全部撤出朝鲜。
但是战后沿海防倭寇，仍然是重中之重。就在上月，倭寇送回被虏的卢朝宗等35人，福建抚按以闻，下兵部覆议——倭性狡诈，往往以与为取，今日之通款，安知非往日之狡谋？妥当加以提备，以防叵测……将士训练兵船，严防内地，密差的当员役，远为侦探，诸凡海防兵食等项，悉心计处，期保万全，毋致误事。
何继高疏中第二问题——琉球与日本地势联属，由萨摩开船，四日可到琉球北山，若日本据北山，琉球则必为所得，而闽广为其出入之地。一旦日本实际控制了琉球，很可能挟其带请互市，并假此窥伺中国。与其单靠侦探来保障封贡体系的安全，不如辅以经济手段。
兵部覆——琉球二年一贡可改为五年一贡，其他岁宜令市贸易于海上，以示羁縻。贡则许入内地，市则定于小埕。
小埕位于月港和宁波港之中，早在隆庆开海，月港为唯一对外贸易港。万历二十七年，朱翊钧为征商税，派刘成重征市舶于宁波，又高采衔命南下征税于闽，内官监李凤往广东开矿，并理市舶征税。自此，洪武时的四大市舶司已重开三个。
朱翊钧很快从兵部覆奏，准小埕为琉球市贸之地，而宁波依旧为贡贸之地。这实则等于间接同意与琉球/日本的有限贸易。只是
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