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但是各种各样的草药相生相克，他有好几次都差点进了鬼门关，但好每次都被悄悄尾随在身后的蚩尤发现，并带回去救治。蚩尤曾是他最忠心的下属，他手下的人多半手握异于常人的力量，因为这些力量，所以被部落中的许多人所排斥，甚至是怨恨，神农一开始也忌惮他的力量，但他成为部落的首领以来，他就一直跟随在他的左右，从未做过什么出格的事。
每一次得知是蚩尤把他从山林中带回去的时候，他都无奈的想：这件货就没有自己的事吗？
他跟蚩尤说了许多次，不要让他继续跟着他了，蚩尤只是沉默。但在下一次进山的时候，依旧能看到让他不远不近跟在后面的身影。到最后，他都已经习惯了蚩尤的存在，并且每一次草药的尝试都更加大胆，因为他知道自己不管中了什么毒，不管倒在哪里，他都能把自己带回去。
有一次，他尝试两种草药一起吃的时候，蚩尤猛地冲过来，他解释说，这两种草药一起吃会产生剧毒。神农自然不信，可是看到他把抓来的山猪嘴里塞进两种草药后，不消片刻就口吐白沫，浑身抽搐的死去了。
那一次开始，神农发现了蚩尤的对草药的熟知，可是他从不愿告诉他是如何得知的。
日子一天天过去，他们的周围环境已经不适合居住，于是整个部落都开始迁移，可是在找到一处风水宝地之后，没过多久，迁移而来的轩辕也看中了这块地。
那种嚣张跋扈的态度让蚩尤极其的不满，战斗一触即发，可神农并不想打仗，在蚩尤的劝说下，与轩辕进行了三次大战之后，最后蚩尤还是在神农的游说之下，把军队收了回来。
最后，轩辕与神农合并了两个部族，而自己离开了那里。
所与人都认为，是因为轩辕逼走了黄帝，所有蚩尤才会对轩辕发动战争。
可是，所有人都不知道的是，轩辕十分欣赏神农尝百草的行为，轩辕经常邀请神农与她谈天说地，对酒当歌。
轩辕从未把神农当做阶下囚，而神农也从未把轩辕当做对手。
只因在那个时候，所有人都认为神农尝试百草的行为是在自寻死路，除了蚩尤与轩辕，他没有了其他支持者。
但自从轩辕统治了两个部族之后，蚩尤一直对他虎视眈眈，他周围的人也能感觉到蚩尤身上冒着杀气。
后来，神农在尝试一种新发现的草药的时候，突然浑身僵硬，倒地不起，轩辕想让人来施救，恰好遇到了来寻神农的蚩尤，可蚩尤一看见毫无声息的神农，不听任何人的劝说，立刻对轩辕发起了攻击。
等到神农醒来之后，却发现蚩尤已经带着他手下的人离开了部落，自成一派，著名的蚩尤之战拉开了序幕。
神农自然第一反应就是劝说蚩尤，可是因为战斗已经开始了，双方受伤身亡的人已经不计其数了。蚩尤手中的人各个都是奇人异事，轩辕虽是人类之身，可他不会怕蚩尤。
在战争进行都到这一步的时候，已经无法停止了，神农一直在被来年两个人不停的拉扯。蚩尤一直记恨轩辕抢走了神农的部落，希望神农可以跟他一起抢回本就属于自己的东西；而轩辕认为神农第这些草药的记载，可以流传下去，造福后世，他愿意一直给与神农帮助。
一边是自己的理想，一边是一直保护自己的人，神农一时陷入了两难。
最后，他看着轩辕手下死伤的众人，他忙的脚不沾第，可是他们的生命还是从自己手中溜走了。于是，他带着自己调配的药来到了蚩尤的部落，亲眼看着蚩尤没有犹豫的喝了下去。很快，他就口吐白沫，浑身抽搐而死。
这种药，蚩尤怎会不知，这是蚩尤曾经提醒神农的草药，可是他没有犹豫的喝了下去，他自始至终相信神农，他一直在等着神农回心转意，可他等到的是自己的死亡。
神农彻底凌乱了，他突
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