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在听说了雾岛琉璃寺的通灵术以及他的神秘短剑之后，大蛇丸对他产生了浓厚的兴趣。
这个世界的大蛇丸，还在潜心做着研究，他志在掌握核心科技！
由于志村团藏一直在暗中给大蛇丸提供研究经费和活体，所以大蛇丸很多邪恶的研究成果，也被志村团藏得到了。
不过，团藏只拿到一半！
因为大蛇丸也有私心。
然而，直到现在他都不知道，那位给他提供大量经费的人是谁。
晓组织的角都？
非也。
大蛇丸的部下也非常多。
音忍四人众：左近右近，多由也，次郎坊，鬼童丸。
秘术使用者：鬼灯水月。
木叶村的弟子：御手洗红豆。
咒印起源：重吾。
满身牙印：漩涡香磷。
以及……
被他成功保住性命的君麻吕。
这群人的战斗力不可小觑，经过这些年的培养，他们的实力有了质的飞跃。
尤其是来自辉夜一族，并且继承了尸骨脉的君麻吕。
不过与故事里不同的是，大蛇丸的最强部下并没有和他在一起。
那人就是药师兜。