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“时候到了，艾吉奥，在现今时代，我们不需要像我们的祖先那样墨守成规，但我们的印记始终不变。你准备要加入我们了吗？”
旁边的刺客，拿着一个烧红的火钳，在艾吉奥的左手无名指夹了一下，留下了一个代表断指的印记。
“现在你是我们的一员了，走吧，我们还有更重要的事要做。”
随后，一个个刺客从塔楼前，进行信仰之跃，直接跳下去。
艾吉奥也跳入下方，如雄鹰展翅，这一刻，他就正式踏入兄弟会，而经过十年的经历，艾吉奥也褪去了年少时的懵懂和冲动，逐渐变得成熟起来。
随后，艾吉奥回到佛利城，并希望把伊甸的苹果藏匿于此以便他们的盟友卡泰丽娜•斯福尔扎对其进行保护，但当二人到达那里，发现整个佛利城正遭受凯科和卢多维科•奥尔西兄弟所带领军队的攻击，正当艾吉奥和马基亚维利与军队对抗的时候，有机可乘的凯科成功偷取了苹果，逼迫艾吉奥只能去追他，虽然最终艾吉奥还是捉住并杀死了凯科，但凯科在临死前他也刺中了艾吉奥下腹，严重受伤的艾吉奥由于伤势而晕倒，而苹果也从他手中滑落，这时一个缺少一根手指的僧侣出现并在他面前夺走了苹果。
处理完事情的艾吉奥返回意大利继续追寻着那个断指的僧侣吉罗拉莫·萨沃纳罗拉和伊甸的苹果。1497年，他回到了他的故乡佛罗伦萨，在那里他发现洛伦佐已经杀死，而后者更是取代了前者的位置，开始用苹果操纵着民众，而艾吉奥的前恋人克里斯蒂娜和他丈夫他也被萨沃纳罗拉所操纵的暴民给谋杀。在马基亚维利的帮助下，艾吉奥开始了解放萨沃纳罗拉所控制的佛罗伦萨的计划。刺杀了萨沃纳罗拉的副官，然后把苹果从他身边夺回来。
艾吉奥站在高台上，不由喊道：“22年前，我站在我现在这个地方，看着我所爱的人全部一一死去。我被曾经的好朋友背叛，仇恨心理占据了我的心灵。要不是几个睿智的人帮助下，我整个人都被仇恨所吞噬。这些陌生人教我回顾本能，他们从不向我灌输真相，而是引导我搜寻真相。”
淡淡的主题音乐背景响起。
“我们不需要谁来告诉我们怎么做，我们可以自由地走上自己的道路。途中会有人想要夺走我们的自由，而你们也有不少人会将自由拱手相让。但不管是真是假，我们都有能力做出选择，这就是我们的天性。”
“任何书籍或老师都不能给你们答案，教你走哪条路。你要选择你自己的路，不要追随我，也不要追随任何人，追随你们自己。”
这是艾吉奥对脱离金苹果控制的人民所讲的话，在这一刻，他的思想已经与年少时不同了。
但游戏还没结束，艾吉奥他们已经逐一把所有阿泰尔手抄本的碎片收集完成，用手抄本的碎页拼出了一个世界地图并顺利地通过苹果中找到了一个位置，罗马西斯廷教堂下的秘密地下室。
艾吉奥赶去，但却发现罗德里戈已经提前一步知道这件事，而此时他更是已经成为了教宗阿历山大六世。
1499年，刺客们袭击罗马，而艾吉奥则单骑闯入西斯廷教堂独自面对罗德里戈。
他一路杀过去，解决掉对方用金苹果放出的分身，来到了地下室。
艾吉奥已经变成了大叔，一脸胡须，但目光却一如既往。
“一切都结束了，罗德里戈。”
他扔掉了手中的长剑：“不再有阴谋诡计，不再有古代圣物，不再挥刀弄剑。”
他取下袖剑扔去，赤手空拳：“我们来看看你有什么真本事，老头。”
这个罗德里戈，就是最终的黑手，也是导致艾吉奥父亲死亡的真凶。
他一直在搜寻金苹果，想要搜寻神的力量，最终在地下室，败在了艾吉奥手中。
艾吉奥本想下杀手，但
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