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飞翔的荷兰人号里，杰克船长逃出来，寻找戴维·琼斯的心脏。结果发现，守心脏的两个人竟然就是第一部里的那一胖一瘦两个守卫。
观众们一看，乐了。这两个家伙，肯定会被杰克船长忽悠。
果然，两个人又像第一部那样相互争吵，被杰克船长拿走聚魂棺也没注意。
戴维·琼斯看到自己的心脏被杰克船长拿走，立即争夺。
双方接船战，战斗下激烈，铁匠威尔向尹丽莎白求婚。
真是荒唐，却又在情理之中。此战他们无赢的希望，因为戴维·琼斯这帮水怪根本是杀不死的。
两人不过是想死前成为夫妻。简单地证婚，铁匠威尔与尹丽莎白拥吻。
铁匠威尔父亲比尔因为失忆，认不出自己的儿子威尔，与威尔打了起来。
铁匠威尔制服父亲，一剑刺入戴维·琼斯的身体，可惜戴维·琼斯死不了，还要反杀铁匠威尔。
杰克船长拿刀抵着戴维·琼斯心脏，阻止戴维·琼斯杀铁匠威尔。结果戴维·琼斯根本不受威胁，一剑刺入铁匠威尔身体，因为他知道杰克船长不敢动手刺心脏。
比尔恢复记忆，冲过来打戴维·琼斯，反被打倒。就在戴维·琼斯想要杀死比尔的时候，戴维·琼斯的心脏被一刀刺穿，戴维·琼斯死。
原来，机智的杰克船长将刀塞给将死的铁匠威尔，让铁匠威尔杀死戴维·琼斯。这样，铁匠威尔因为要取代戴维·琼斯成为飞翔的荷兰人号的船长，就不会死。
戴维·琼斯死了，掉进旋涡里，飞翔的荷兰人号也跟着掉进去。杰克船长带着尹丽莎白回到黑珍珠号。
战争没有结束，贝克特的海军向他们冲来。
黑珍珠号向对方冲去，飞翔的荷兰人号突然从海里钻出来，与黑珍珠号一起冲向贝克特的船，夹击贝克特将其船轰沉。