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他短暂地融为一体的奈克斯特奥特曼恢复了些许。.
今日，真木舜一刚完成了一次航行。稍事休息后的他准备再做完一单就陪着来看自己的妻子和孩子出去玩。然而他不知道的是，自己飞机上的乘客，正是霓虹国与漂亮国合作设立的st组织的科学负责官，被异生兽theone附身的有动贵文的未婚妻，水原沙罗。而她此行的目的，则是将真木舜一抓到st的基地当中关押起来。
而倒霉的真木舜一，也是被拉到了st的秘密基地中，在被告知了theone的存在之后，作为引来theone的诱饵被丢到了地下室里关了起来。