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鸟取县，黑衣组织基地。
灰原哀看着被烧焦的山体，心中感慨万千。
在她的印象中，一向是组织欺负别人，而眼前情景，显然是组织被欺负了。
她和柯南曾经以为，组织面对围剿时，可能以大城市数百万人的性命为筹码，要挟警方放弃进攻。
她竟然把以拯救人类为目标的黑衣组织当成反人类的存在，现在回想，深感羞愧。
灰原和阿笠博士跟着组织首席科学家康帝教授进入基地，来到地下一千米深的中央综合大厅。
由于半数科研人员已经转移至南太平洋一座小岛之下的第二基地，这里显得清净许多。
灰原和博士是康帝教授亲自上门邀请的，在柯南建议下，二人接受了组织邀请，一来双方冰释前嫌，二来二人想利用组织这个平台做一些大事。
与组织提供的实验室相比，博士家的实验室充其量是个小作坊。
无论是灰原的药物研究，还是博士的发明，只靠一个小作坊，无疑是大大受限的。..
灰原重回组织，被任命为药物研究实验室二把手，名义上归波士蓝领导，实则直接听命于boss。
阿笠博士被任命为黑科技研究实验室二把手，同样直接听命于boss。
灰原带来了自主研发的临时解药和元太给的[变大胶囊]，这将极大促进正式解药的研发进度。
另一方面。
“死去”十八年的工藤仁杰秘密回到工藤宅，见到了一家三口。
工藤仁杰外貌是一名中年人，其实他已经65岁了。
他47岁那年服下【银色子弹】，容貌定格在了47岁。
他所服下的【银色子弹】，跟贝尔摩德是同一批，只能暂停时光，不能逆转时光。
工藤仁杰向三人讲述了当年之事，一切正如赤井务武所说。
工藤仁杰为了不让儿子儿媳卷入黑衣组织和光照派的斗争，策划了假死事件。
由于借助了超越时代的克隆体，因此得以瞒过工藤优作那双锐利的眼睛。
十八年后，祖孙三代团聚，四人都非常高兴。
——
七天后。
秦华生、柯南、服部平次、赤井秀一、安室透、水无怜奈按照约定来到夜之教堂。
这次行动，由赤井务武担任队长。
除了赤井务武，黑衣组织一方还派出了贝尔摩德、基安蒂和科恩，以及一个令柯南和服部意外之人——羽斐一晴。
“嗨，华生小弟、服部小弟、柯南小弟，我们又见面了。”羽斐一晴笑着跟三人打招呼。
柯南问：“羽斐姐姐，你怎么会在这里？”
羽斐一晴道：“赤井先生叫我来的，我要跟大家一起去天堂岛。”
原来，人鱼岛事件后，贝尔摩德接到秦华生指示，赶在光照派之前找到羽斐一晴，邀请她加入了黑衣组织。
羽斐一晴是连接人类和人鱼的纽带，身份特殊，决不能落入光照派之手。
众人登上停在教堂后院的直升机，直奔东京西公里开外的横田空军基地。
抵达横田基地后，众人搭乘一架美-17运输机，飞向了广袤的太平洋。
众人没有办理任何手续，便能畅通无阻进入美军基地并登上运输机出境，对于这点，众人并没有感到惊讶。
作为能跟光照派掰手腕的顶级秘密结社，黑衣组织的势力渗透到全球各个领域，其中就包括霓虹防卫省和美***方。
经过十个小时的飞行，运输机穿越太平洋，降落在美国佛罗里达州海军基地。
基地位于佛罗里达半岛最南端，处在百慕大三角一个顶点上。
众人经过短暂休整，登上了一艘改装轮船。
又经过一天航行，轮船距
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