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隆武帝此刻意气风发，再次决议北伐，无奈郑芝龙还是以各种理由阻挠。郑芝龙是隆武朝掌握实权的人物，他不支持，隆武帝的北伐就是一纸空谈。
郑芝龙、郑鸿逵兄弟俩都是希望拥立隆武帝做大官，割据福建足矣，北伐惹满清***的事他们可避之犹恐不及。整个郑家，算得上忠臣的，也就是郑芝龙的儿子郑森了。
郑森，字大木，天启四年（公元1624年），郑森出生于日本肥前国平户岛上的川内浦千里滨，其母是倭国妇女田川氏。
此时的郑森不到二十二岁，正是热血青年的年纪。郑芝龙有一次带郑森入宫见隆武帝，隆武帝感叹到自己没有女儿嫁给郑森。于是他为了笼络郑氏家族，特赐郑森姓朱，并改名成功，命为御林军都督、仪同驸马都尉，此后世人称之为“国姓爷”。
之前隆武帝准备北伐一直被阻扰，武英殿大学士兼吏、兵二部尚书黄道周眼见郑芝龙靠不住，遂决定返乡筹兵。
隆武帝非常感动，流涕送行。由于人、财、物皆在郑芝龙家族掌握之中，隆武帝只能给这位老忠臣一百道空白委任状，没能拔给他一两军饷和一个士兵。
黄道周后来募众数千人，但仅有十几匹马，还有可以供应一个月的粮食，出仙霞关，抗击清兵。此后他又率众抵达广信再募得三个月兵粮，遂开始向清兵发起进攻，但不久便告失败被俘。
黄道周兵败被俘，誓死不降英勇就义后，隆武帝能够依靠的，就是郑成功了。自隆武二年（公元1646年）起，郑成功即开始领军，多次奉命进出闽、赣与清军作战，颇受隆武帝器重。
清朝大学士，大明汉女干洪承畴是福建泉州南安人，与郑芝龙是同乡。在其承诺给予郑芝龙三省割据加王爵的利诱下，郑芝龙不顾儿子郑成功、弟弟郑鸿逵等人的反对，决意带着其他几个儿子北上向满清投降。
郑成功劝阻父亲不成，只好带着部分士兵出走金门。郑芝龙本以为降清之后不但得保家业，还能加官晋爵。不料此时清军征闽主帅博洛背约，不但将郑芝龙与诸子一同挟往北京，更出兵攻打郑家的故乡闽南南安。
郑成功的母亲田川氏当时已从日本搬至南安定居，不幸碰上此次劫难，于战乱中自缢身亡。郑成功得知母亲死讯，更加坚定了抗清的决心，发誓与满清势不两立。
但郑芝龙的投降，造成隆武政权军事力量的极大削弱。从此以后隆武帝在清军追击下一再南逃，难以组织起有效的抵抗了。