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1997-98赛季，在大卫·罗宾逊伤愈复出以及蒂姆·邓肯加入之后，马刺队又再一次完成了NBA历史上单个赛季上最大的胜场进步，马刺在这个赛季常规赛赢下了56场比赛并成功打入了季后赛第二轮。
而邓肯也是毫无悬念地获得了年度最佳新秀奖。
只可惜在同犹他爵士队的西部半决赛第二场中，邓肯扭伤了脚踝，而爵士队在经过加时之后，以109比106获胜。
马刺队最终以1比4输掉了系列赛。
1998-99赛季，NBA因为劳资纠纷而一度停摆，常规赛也因此从@精华书阁场缩水到了50场。
这个赛季开始，马刺仅取得了6胜8负的开局，而主教练波波维奇也因此饱受批评，但是球队领袖邓肯和罗宾逊都对他表示了坚定的支持，而球队随后也以31胜5负的优秀战绩收尾。
马刺在季后赛中大展身手。
先是首轮3比1战胜森林狼，再是次轮4比0横扫湖人，到了西部决赛直接横扫开拓并杀入总决赛。
最后，他们以4比1的大比分战胜了纽约尼克斯队，夺得了马刺队历史上首个NBA总冠军。
而邓肯也以27.4分、14个篮板和2.2次盖帽当选为总决赛VP。
在这年的选秀大会中，马刺队在次轮第57顺位选中了来自阿根廷的马努·吉诺比利。
但之后吉诺比利选择继续留在意大利打球，到2002年才正式登陆NBA。
1999-00赛季，马刺取得了53胜29负的战绩，但是由于球队领袖邓肯半月板撕裂赛季报销，而无缘季后赛，马刺也在季后赛第一轮以1比3不敌太阳遭到淘汰。
2000-01赛季，马刺取得了58胜24负的佳绩，在季后赛第一轮以3比1淘汰森林狼，西部半决赛4比1淘汰小牛。
但是在西部决赛中，马刺被当时如日中天的湖人队横扫。
休赛季的选秀大会中，马刺以首轮第28顺位选中了19岁的法国控卫托尼·帕克。
2001-02赛季，马刺再次取得了58胜24负的战绩，邓肯获得常规赛VP。西部半决赛马刺以1比4不敌湖人队。
2002-03赛季，马刺更新了“嘉年华彩色”队标，回归原始的银、黑的图形，以纪念大卫·罗宾逊的最后一个赛季。
最终，在这个赛季马刺取得了60胜22负的常规赛成绩，而这也是波波维奇担任主帅以来首次率队取得60胜战绩，他也获得了自己的首个年度最佳教练奖。
在季后赛第一轮，马刺以4比2淘汰了太阳。
西部半决赛上，4比2淘汰老对手湖人，西部决赛4比2淘汰小牛。
总决赛上，马刺击败了篮网，赢得了第二座NBA总冠军奖杯。
这个赛季，邓肯包揽了常规赛和总决赛的VP。
他在总决赛中场均砍下24.2分17个篮板5.33次封盖5.3次助攻，加冕的第6战更是劈下21分20个篮板10次助攻8次盖帽的逆天数据，险些成为总决赛上达成四双壮举的历史第一人。
2003-04赛季，球队以9胜10负开局，然而在年底马刺又连胜13场，重返联盟榜首。
最终，马刺以一个11连胜为常规赛收尾，但可惜以一场之差错失赛区冠军和西部最佳历史成绩。
季后赛中，马刺以4场横扫了孟菲斯灰熊队。
第二轮，马刺再度遭遇湖人队。
但这一次，湖人队在先输两场的情况下连扳四场。
而这个系列赛的转折点是德里克·费舍尔在第5场比赛还剩下0.4秒时投中了压哨的致胜球。
2004-05赛季，马刺队从西雅图得到了后卫布伦特·巴里，从纽约得到了中锋纳兹
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