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但是到了赛季中期他们又回到了赛区榜首位置，乔丹在库科奇和篮板王罗德曼的帮助下继续带领着球队闯入季后赛。
常规赛结束后，公牛队取得了62胜20负的战绩，与爵士并列联盟的最佳战绩。
在季后赛前两轮先后淘汰了新泽西篮网队和夏洛特黄蜂队后，公牛队又在东部决赛中通过七场鏖战4-3淘汰了步行者队，再度进入总决赛，并再一次与爵士争夺总冠军的机会。
最终在总决赛中，公牛队4-2击败了犹他爵士队，再次夺得nba总冠军，乔丹收获了第六个总决赛最有价值球员的奖杯，而公牛队也再一次创下了三连冠的状举。
率领公牛队取得了六个总冠军之后，杰克逊主教练宣布不会在1998-99赛季继续执掌公牛。
同时乔丹，皮篷和罗德曼也都会在1998年的夏天离开公牛队。
1998年，功成名就的乔丹激流勇退，第二次告别了篮坛。
而队内的主力球员斯科蒂·皮蓬、丹尼斯·罗德曼、卢克·朗利和托尼·库科奇也都相继离开了公牛队。
从这一刻开始，公牛王朝开始衰败，nba从此步入了后公牛时代。
1998年以后，公牛队便开始了大规模重建，他们先后迎来状元秀埃尔顿·布兰德、杰伦·罗斯、杰伊·威廉姆斯和丹尼·马绍尔。
但这些球员之中，成为明星的唯有埃尔顿·布兰德一人，并且也已经转投他队，其他人则都已经成为了无名小卒。
不过随着本·戈登、科克·辛里奇等年轻球员的成长以及本·华莱士的加盟，公牛队在2005年又重新焕发了活力。
2004-05赛季，公牛队以45胜37负的战绩拿下了四号种子晋级季后赛。
虽然公牛头两场季后赛以103-94和113-103获胜，但最后竟被华盛顿奇才队连赢了四场，最终以2-4遭到淘汰出局。
2005-06赛季，公牛队再度以41胜41败胜率战绩打进了季后赛，可惜最后还是被韦德带领的迈阿密热火队以2-4淘汰出局。
2006-07赛季，公牛队拿下了49胜33败的常规赛战绩，连续三年挺进季后赛。
但是在季后赛首轮他们便碰上了卫冕军迈阿密热火队，但最终他们以横扫热火晋级第二轮。
但是在第二轮中，他们又被底特律活塞队2-4淘汰出局，止步东部半决赛。
2008年，公牛队用本·华莱士交换来了德恩·古登和拉里·休斯，并且幸运地摘得了状元新秀德里克·罗斯。
德里克罗斯。