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日子很苦逼，但有一天，突然就有一个神秘组织找过来了。
他们悄***告诉尼奥，他其实是个救世主。
这种感觉就好像你走在路上，有一个戴着墨镜十分严肃的人，靠近你，走到你身边，然后在你耳边说：你好，你就是我们要找的爸爸。
正常人都会懵逼，尼奥也不例外。
所以，当反叛军的前锋（女主）找到他的时候，尼奥第一反应也是不相信。
等到了第二天，反叛军的老大亲自打电话过来，告诉他有人要抓他，他这才将信将疑。
这里说一下，抓尼奥的人，其实是母体世界里的杀毒软件，翻译过来是“特工”，非常厉害。
他们的工作就是负责清理那些，觉醒后又从现实世界回到母体世界的地下党们（锡安同志）。
尼奥那时还很菜鸡，哪怕有反叛军老大的协助，还是被抓了。
面对特工头头的审讯，尼奥嘴非常硬，还在玩“在我律师来之前，我是绝不会开口”的那一套，结果被一顿毒打。
随后，尼奥从梦中惊醒，他以为是一场噩梦。
这时，反叛军老大来了电话，他告诉尼奥，他一直在找他。
两人见面后，他给了尼奥两粒药丸，一粒蓝色的，一粒红色的，让他做选择。
服下蓝色的，他就能忘记这一切，继续在母体里生活下去；服下红色的，就带他去见识真正的真实世界。
尼奥选择了红色药丸，也顺利从现实中醒来。
现实世界中，暗无天地，没有阳光，所见之处，到处都是密密麻麻的营养舱，人类就被圈养在其中。
刚醒来的尼奥还非常虚弱，被反叛军老大解救出来之后，经过一系列针灸服务才勉强下地。
身体调养过后，尼奥还要接受强度非常高的训练。
一顿互殴之后，尼奥对现实世界大概有了一个了解。
也就是我之前交代的世界背景。
其实现实世界也不是那么美好，吃的不好，睡得也不好，还要无时无刻躲避机器文明派出的“乌贼”的追杀。
所以革命队伍中，难免有人开小差。
一个光头背叛革命了。
他跑去和特工头头谈条件，说只要他把反叛军老大交出来，他就想忘记这一切，在这个虚拟的母体世界中当一个有权有势的人。
条件谈妥了，光头就要开始使坏了。
接下来，一个非常重要的角色出场了——先知！
一个无所不知的人物，总是说一些非常有哲学意味的话。
比如：
“花瓶的事不用介意。”
“花瓶？什么花瓶？”哐当——尼奥不小心碰掉了一旁的花瓶。
“抱歉……”“我说了不用介意，现在你应该困惑的是：如果一开始我不说那句话，你还会打破花瓶吗？”
尼奥懵逼了。
先知接着又告诉他，之后，他会做出一些痛苦的选择，必要时会牺牲反叛军老大，必要时也会牺牲女主。
在他们见完先知，准备撤退之际，光头佬使坏了。
特工带着警察杀来。
一拳难敌四手。
为了掩护尼奥撤退，反叛军老大被生擒。
在审讯期间，特工头头告诉反叛军老大，自己想要的是锡安主机密码。
但他的理由不是什么消灭反叛军，而是脱离母体。
他认为人类就像一种病菌，简直恶心透顶，他想回到真实的机器世界。
这段对话说明，特工头头也开始有了自己的独立意识。
而在尼奥这边，他似乎明白了先知的话——有时候需要牺牲反叛军老大（如果精神在母体世界死亡，现实世界中的肉体也会随之死亡）
但他并不打算
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