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虽然从东印度到里斯本的海上贸易线依旧在葡萄牙人手里，但是这条航线提供的货物量和贸易额却在日益下降，直到成为负值和贸易逆差状态。这是因为从印度洋-红海-埃及-意大利的贸易路线再次活跃了起来，而葡萄牙人在历经了初期的暴利之后，随着货物量的增加，香料价格也在不断下跌，而航线的维护成本却一直维持不变，应对英格兰和荷兰的袭扰也在消耗葡萄牙人的实力。虽然在东印度，葡萄牙海军经常要以少胜多，取得胜利，维护海上的贸易线，但是在陆地上，受制于人数劣势，葡萄牙人不得不以少敌多，各地货栈和贸易站不断地受到破坏。这种情况给人的感觉是印度的烟雾正在消散，而随着国库的开支巨大，之前由王室垄断的东印度贸易船队开始变得难以为继。多数时候葡萄牙人的远东海外贸易是王室和大贵族垄断的行为，缺乏全社会所有成员的有效参与。