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又与众臣商议发大军对抗关东军，被郑泰劝阻。
后提议迁都到关中的长安，杨彪、黄琬一再劝阻，被董卓因灾异免去职务。
伍琼、周毖仍认为不能迁都，被董卓以向敌通讯而处死了当初举荐袁绍、刘岱等人升官的伍琼周毖二人。
但后来董卓又后悔，重新启用杨彪、黄琬。
在丁亥日开始迁都，董卓令献帝与官员先行，自己以步兵、骑兵逼洛阳数百万人到长安，途中被踩死、饿死、抢劫死者不计其数。
董卓留在洛阳毕圭苑，下令捉拿富翁，以罪名将他们杀害，没收财产。又派吕布掘开先帝帝陵及公卿以下的冢墓，抢夺里面的财宝。
最后放火焚烧了洛阳，鸡犬不留。三月乙巳日，献帝到达长安，因董卓未到，便以司徒王允辅政。
在戊午日，董卓因袁绍起兵而杀了其叔父袁隗、袁基家及家人五十多人，包括妇女婴孩。
王允表面依附董卓，暗中心向汉室，身边聚集了一批朝中官员。
〖初平二年（191）〗
关东联军为了争夺政治上的主导权，以袁绍、韩馥为首，倡议立幽州牧刘虞为帝。遭到袁术、曹操反对。
刘虞儿子刘和在长安朝廷担任侍中，刘协想凭借关东军力量还都洛阳，以摆脱董卓控制。
派刘和潜出武关求援，但这时关东联军正热衷于互相兼并以壮大自己力量，扩张地盘，无意西讨董卓。
长安方面就只能依靠内部力量来推翻董卓。
〖初平3年（192）〗
王允连同司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、中郎将吕布密谋刺杀董卓。
4月，献帝患病初愈，在未央殿大会朝中百官。董卓身穿朝服，乘车入朝。从军营到皇宫道路两侧警卫密布，戒备森严。
吕布让同郡人、骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫等十余人冒充卫士，埋伏在北掖门等董卓。
董卓一进门，李肃举戟刺去，将董卓刺下马车，伤了手臂。后被吕布补刀刺死。
至此董卓身亡。
【西凉兵乱】
董卓死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。
但王允骄傲自满，又气量狭小，文学家蔡邕曾是董卓旧臣，因一声叹息就被王允押至廷尉处问罪。
蔡邕有口难辩，作为文学家和史官，为了写成汉史，陈辞谢罪，愿意接受刺剑削足的酷刑以保全余生。
士大夫营救未果，太尉马日磾（di）专程前往王允处替蔡邕说情，可王允根本不听劝，最后蔡邕冤死狱中。
王允在处理董卓旧部时也表现的反复无常，态度极不慎重。他先是想要赦免董卓部下，但很快又改变想法。
王允与吕布在处理董卓财物时发生分歧，王允又向来看不起吕布，只当其是个武夫。吕布也自认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和。
王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，再利用关东兵去控制他们。
有人反对，但王允不以为然。
这些凉州兵，早在191年阳人之战后，董卓派李傕为使游说孙坚，欲与孙坚和亲，被孙坚拒绝。
后李傕被董卓女婿牛辅派遣至中牟与朱儁交战，击败朱儁后，进而至陈留、颍川等地劫掠。
荀彧是颍川人，在李傕劫掠前已让族人离开了颍川，故逃过一劫。
凉州百姓听闻王允想解散凉州兵的风声后，到处传言，说王允要杀掉所有凉州人。凉州将领成了惊弓之鸟，在谋士武威人贾诩的建议下，以李傕为首，与郭汜、张济结盟，率军几千人，又将所有凉州兵集结起来，日夜兼程，进发都城长安。
王允命董卓旧部胡轸、徐荣在新丰迎击李傕、郭汜，结果徐荣战死，胡轸率部投降。
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