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义军寡不敌众，退出皇宫。10月16日，林清在黄村被捕牺牲。李文成军在夺取滑县后，又占领道口镇等地。清廷调杨遇春、杨芳率军镇压。12月17日，李文成在司寨(今辉县地)兵败，***而死。1814年1月4日，清军攻陷滑县，李文成妻张氏在击杀数十人后，关门自缢。起义最后失败。这次起义，因为林清攻入紫禁城，震撼极大。嘉庆帝承认：此乃“汉、唐、宋、明之所未有”，“从来未有事，竟出大清朝!”
天理教起义之后，昏庸的嘉庆不思减轻对人民的压榨剥削，反而荒唐的认为是皇宫里的树木坏了风水，于是下令将宫内树木全部伐掉。后代皇帝从祖训，也不重新种植树木，致使今日故宫古树罕见。