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坊择地建造圣庙学院。1666年春正月，圣庙建成，旁建明伦堂。三月，又建学院，陈永华亲任主持，聘请礼官叶亨为国子助教。学校初建，急需大量的教育人才。陈永华一方面通过各种途径延聘大陆知识分子渡台，“以教秀士”。另一方面，当时迁居台湾的明代遗臣“多属鸿博之士”，鼓励他们发挥余热，协助传播中原文化。1674年，陈永华任东宁总制使。这时三藩叛乱，受耿精忠约，郑经率师伐清。郑经子郑克臧监国，陈永华于是协助女婿郑克臧总管台湾政务，遂遭冯锡范、刘国轩嫉恨排挤。1680年3月，陈永华自请解除兵权，因忧悒成疾，当年在台湾病逝。郑经亲临吊丧，谥文正。陈永华死后，葬在今台南县柳营乡，后来清朝把他的骸骨迁葬回福建泉州，现存的仅是空冢。此外，民众为感念他的德泽，还设庙祭拜，就是今日台***南市中西区府前路上的“永华宫”;“永华路”同样也是为了纪念他而命名的。