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新兵征召和训练就交给练兵司负责。
军备司，将负责为出征或和平时期军队提供或更换军备，但并不负责粮饷，只负责提供武器装备和弹药。
除总都督府外，苏言也将水军司提为水军都督府，与总都督府为同一等级，设左右都督各一名，都督同知三名，暂设造船司、作战司与后勤司三司，同样由都督同知担任司长，水军司都统使黄恩本担任水军都督府第一任左都督。
虽然苏言不用担心统军将领专权，但他还是要为子孙后代考虑，便规定总都督府与水军都督府对军队无调遣权，调遣权由皇帝直接掌管，兵部在军中有任免、升调权，但并不统兵。
中央设总都督府与水军都督府，各省地方也废除落后的卫所制，县一级设一连为驻军，州府设一标为驻军，罢提督职，每省统一以都指挥使为最高军事长官进行调动。
在都指挥使以上还有巡抚、总督节制，层层压迫下来，除非是上下一心，否则就算有天大的本领也是没办法在体制内造反的。