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，小朝廷也下令江北四镇和左良玉针锋相对，双方并没有因为崇祯皇帝还在太原府有任何变化。
清军在观望一段时间后，多尔衮下令鳌拜为河南提督，和吴三桂驻守河南，叶臣提督山东，耿仲明，尚可喜，孔有德三王爷驻守河南，阿济格驻守北直隶，又让多铎领兵南下，和应天府小朝廷进行接洽，
入关后，清军打的大顺军落花流水，多铎率领大军本想攻打长江以南地区，掠夺江南人口和资源，可突然接到多尔衮传来圣旨，令他暂时停止攻打江南，就地扩充兵力，并且和应天府小朝廷进行密谋，两军联手消灭大顺军和伪崇祯皇帝。