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意的回到了乾清宫，这次不仅整治了方从哲狠狠的出了口恶气，还把孙承宗推上了首辅之位，有方从哲推荐省了不少麻烦，百官那就是吃了哑巴亏，想反对也说不出口了，他们只能恨方从哲了。
方从哲回到内阁后再度写了一道折子，请求归养并推荐孙承宗为首辅。这次只不过是走个过场。
你上个折子我批示一下，你情我愿，一切皆大欢喜。
皇帝的批复很快下来了，准其归养，还在文中大加褒奖了方从哲一番。
旨意一下达，群臣们炸开了，他们都不敢相信这是真的，不过木已成舟，群臣们只能眼巴巴的看着首辅离开，挥泪撒别，有些明白的大臣们，回去后也都暗自写折子，奏请归养，朱由校一一照准，这一下子朝中又走了几个大臣。
朱由校心中乐滋滋的，方从哲一走，带动了一些官员离京，也意味着朝中党派集团少了些核心的人，他们看到首辅隐退必然是因为怕祸事临头。
走的都是有点眼光的。
朱由校把孙承宗召来，多日不见，孙承宗明显廋了一圈。自从协理三大营营务，日夜操劳，查员额，严军纪，惩慵将懒兵，补足人数，忙忙碌碌无日无夜，朱由校见到也是心生怜惜，但国家缺乏柱国良才，只能让他多上点心劳累点。当着他的面，朱由校宣布他为内阁首辅，仍暂理三大营营务。
孙承宗回归内阁，而且出任首辅，群臣的眼光都变了样，再也不会对他置之不理，大臣们见风使舵的本事堪称一流。有些不买账的人对他仍是嗤之以鼻，面色冷傲，孙承宗不与计较。
次辅韩爌心情极差，也是最不服气，本有望成为首辅的他却屈尊在孙承宗之下，懊恼不已，请病闭门休养，来客一律不见。如此一来，内阁中只有孙承宗一人主政，形成独相内阁。